Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G003142`

染色体: Chr06 坐标: 44457930-44490931 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G003142`
名称	SmilChr06G003142
描述	uncharacterized SmilChr06G003142
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	44457930 - 44490931 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991023`
GeneID	`130991023`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991023`
原始查询	`LOC130991023`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	N-acetylglucosaminylphosphatidylinositol de-N-acetylase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824982]; symbol=AT3G58130; hit=AT3G58130; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	N-acetylglucosaminylphosphatidylinositol de-N-acetylase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824982]; symbol=AT3G58130; hit=AT3G58130; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT3G58130` (AT3G58130) N-acetylglucosaminylphosphatidylinositol de-N-acetylase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824982] identity=42.7; qcov=0.932; evalue=5.44e-65; confidence=medium
Rice	`Os04g0678800` - identity=40.8; qcov=0.939; evalue=2.45e-51; confidence=medium
GO	GO:0000225 (N-acetylglucosaminylphosphatidylinositol deacetylase activity); GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0006506 (GPI anchor biosynthetic process)
KEGG	smil00563 (Glycosylphosphatidylinositol (GPI)-anchor biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02585 (PIG-L)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991023

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057771206.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057771206.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771206.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771206.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771206.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:44458111`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B117
`Chr6:44458124`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr6:44458696`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr6:44458707`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr6:44488436`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr6:44488784`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr6:44489058`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr6:44490371`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771206.1

279 aa

140

279

PIG-L

PF02585 PIG-L 46-122 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771206.1`	Pfam	`PF02585`	PIG-L	Family	46	122	8.2e-12	46.5	GlcNAc-PI de-N-acetylase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915223.1
ACTTATGTCTGAGGTATGCCTATCAGGGTTCTTGGTGTTTGTTGGTCTATTATGTTCTATTATCCTTATTTGATTCTTGTTCAGGCCTCACACAAGAATCTGATGTACATATTGTTCGACGAAATGCCCCAGTGACTAATTGCGGCTACATTCTATCTCAGAATCGAACATGGCATGGATAGCATTAATCTCATCAGTGCTAGTGCTCTGGTTTGCTTCTCTCTGCAAAGTTTTTCTAGAATCTCTGTCCTTCTCAAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991023
ATGGCATGGATAGCATTAATCTCATCAGTGCTAGTGCTCTGGTTTGCTTCTCTCTGCAAAGTTTTTCTAGAATCTCTGTCCTTCTCAAAAGCAACATTCTTAAACGATGGTGTGAGTTCTAGAAGGAGAAATATCTTGTTGGTTATTGCTCATCCTGACGATGAGTCTATGTTCTTTGCTCCTGTGATTAATTACGTGACTTCCAGGCATCATAATGTACACATACTTTGCATGTCAACTGGCTTTGTGGATCTTTTGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771206.1
MAWIALISSVLVLWFASLCKVFLESLSFSKATFLNDGVSSRRRNILLVIAHPDDESMFFAPVINYVTSRHHNVHILCMSTGFVDLLRIFSDLTTLFGNVGNADGMGSIRKEELYLASVVLKIITFEDYGISGHCNHCDVHQGVRKLLHDASGRHLEAWAIVSPNIVRKYIGPVDIWLSILFSRLKKDGPSYCLLNLDLRKGYAAMAQHFIQWVWRSKIVLPSGKLIEITEEDVYRVFGFTCSDKKINLLRKDETSDLYDE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器