Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G003162`

染色体: Chr06 坐标: 44590229-44596328 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G003162`
名称	SmilChr06G003162
描述	protein YELLOW LEAF 1, choloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	44590229 - 44596328 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991026`
GeneID	`130991026`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991026`
原始查询	`LOC130991026`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein YELLOW LEAF 1, choloroplastic-like
产物	protein YELLOW LEAF 1%2C choloroplastic-like
Arabidopsis	`AT1G56200` (EMB1303) embryo defective 1303 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842073] identity=62.5; qcov=0.337; evalue=6.67e-19; confidence=low
Rice	`Os02g0152900` (YL1) - identity=44.2; qcov=0.627; evalue=4.69e-11; confidence=low
GO	GO:0009507 (chloroplast); GO:0009658 (chloroplast organization); GO:0010027 (thylakoid membrane organization)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991026

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057771210.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.80000	`XP_057771210.1`
3	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.80000	`XP_057771210.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771210.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771210.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:44590548`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B46,C42
`Chr6:44591504`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B85,B94,C21,C57,D11
`Chr6:44592101`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	133	A1,A14,A16,A18,A2,A20,A22,A23,A24,A7,A9,B1,B103,B104,B106,B108,B109,B110,B112,B113,B114,B117,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B128,B129,B130,B132,B134,B135,B136,B138,B139,B140,B16,B17,B18,B2,B22,B23,B24,B25,B26,B3,B30,B34,B35,B40,B41,B42,B43,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B52,B53,B54,B55,B57,B58,B61,B62,B65,B66,B67,B69,B71,B72,B75,B76,B78,B79,B8,B82,B83,B85,B89,B91,B93,B94,B95,B97,B99,C10,C13,C14,C19,C21,C23,C24,C26,C27,C3,C31,C32,C35,C36,C37,C40,C41,C42,C44,C48,C49,C5,C50,C52,C54,C57,C59,C6,C63,C68,C74,C79,C8,C82,C84,C85,D10,D11,D4,D6,D8,D9
`Chr6:44592119`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:44592145`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915227.1
ATGAGAGGATCATGGAAGAGAAGAGGGACATGCCGCTCATTGCCACTATTTCCAGTCCAATTACGTCACCAGTGTCTTGTACAATCACAAGACCAGTGTTTGAAGCCACAAAAGAATGTTCAAGTTCCAGTTCGAGTGAAGCCTCTTTGCTTGCAGTTTGAAAGGCAAAGTACCATTACTCATTCTTCCAGAGTTAAGCGTGCTTCTGTGATATGTGCTGCTGCTCTGAGTGCCACCTGTGCTGCGGAACAAACCCAAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991026
ATGAGAGGATCATGGAAGAGAAGAGGGACATGCCGCTCATTGCCACTATTTCCAGTCCAATTACGTCACCAGTGTCTTGTACAATCACAAGACCAGTGTTTGAAGCCACAAAAGAATGTTCAAGTTCCAGTTCGAGTGAAGCCTCTTTGCTTGCAGTTTGAAAGGCAAAGTACCATTACTCATTCTTCCAGAGTTAAGCGTGCTTCTGTGATATGTGCTGCTGCTCTGAGTGCCACCTGTGCTGCGGAACAAACCCAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771210.1
MRGSWKRRGTCRSLPLFPVQLRHQCLVQSQDQCLKPQKNVQVPVRVKPLCLQFERQSTITHSSRVKRASVICAAALSATCAAEQTQTVTRQSSTITVAPIQGKEKSPELDDGGAGFPPRDDGDGGGGGGGGGGHWSGGFFFFGFLAFLGFLKDQESEGPYRDERRR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器