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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002033

染色体: Chr06 坐标: 26514016-26525945 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002033
名称SmilChr06G002033
描述triacylglycerol lipase OBL1-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向26514016 - 26525945 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991039
GeneID130991039
locus_tag-
NCBI NameLOC130991039
原始查询LOC130991039

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述triacylglycerol lipase OBL1-like
产物triacylglycerol lipase OBL1-like
ArabidopsisAT5G42930 (AT5G42930)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834305]
identity=44; qcov=1.03; evalue=2.72e-135; confidence=medium
RiceOs02g0767200
-
identity=42.5; qcov=1.02; evalue=7.5e-121; confidence=medium
GOGO:0004806 (triacylglycerol lipase activity); GO:0006629 (lipid metabolic process)
KEGG-
PfamPF01764 (Lipase_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991039

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057771222.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057771222.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057771222.1
4 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057771222.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771222.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:26514339 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,C48
Chr6:26514913 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B9,C38
Chr6:26514921 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,D3
Chr6:26514961 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr6:26515094 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr6:26515191 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr6:26515245 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B137,B55,C2
Chr6:26519142 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr6:26519202 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr6:26525753 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr6:26525819 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr6:26525872 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B121,B13,C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771222.1
449 aa
N
1
224
449
Lipase_3
C
PF01764 Lipase_3 202-350 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771222.1 Pfam PF01764 Lipase_3 Domain 202 350 9.4e-34 117.0 Lipase (class 3)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915239.1
AATTAATATCATCAAATCATATGGATGTTGAGAAACCCCAAAAGTATCTTTCATTGAAGCCTGGGCGCACCAACATCCTGGGCATTTTTCGTGTTCTATCATCCCATGATTACACAGAAGAATGCAGAGATTTCATAGAGTCGGCGGAGGTGAAGGAAGAAGAAATGGTTGAGCATAGAGTGGTTGTTTTTGCGTCAGTCTTGGCTCAGAAACTGATTCAATATATCGCTAAGCCCCTCTCCTTGCTGGGCTCAGGATTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991039
ATGGATGTTGAGAAACCCCAAAAGTATCTTTCATTGAAGCCTGGGCGCACCAACATCCTGGGCATTTTTCGTGTTCTATCATCCCATGATTACACAGAAGAATGCAGAGATTTCATAGAGTCGGCGGAGGTGAAGGAAGAAGAAATGGTTGAGCATAGAGTGGTTGTTTTTGCGTCAGTCTTGGCTCAGAAACTGATTCAATATATCGCTAAGCCCCTCTCCTTGCTGGGCTCAGGATTGGAGATGTGCTTCAACATTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771222.1
MDVEKPQKYLSLKPGRTNILGIFRVLSSHDYTEECRDFIESAEVKEEEMVEHRVVVFASVLAQKLIQYIAKPLSLLGSGLEMCFNILCNNTNFNVFFHNLLRGKVVVPSEKSASFVSMIGIMDKRVDLDNNIERGTNKYFASLCAIASKLAYENDHYIQTIVENTWKMEFLGAFSFWDDRYEADTTQAFLFRDCSTTPDTIVVAFRGTEPFNANDWITDCDISWCKLPNIKGRVHCGFVRALGLMHHDDDARQHAYAAIT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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