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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000840

染色体: Chr01 坐标: 18156130-18157572 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000840
名称SmilChr01G000840
描述uncharacterized SmilChr01G000840
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向18156130 - 18157572 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991141
GeneID130991141
locus_tag-
NCBI NameLOC130991141
原始查询LOC130991141

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs12g0292200
-
identity=29.6; qcov=0.189; evalue=4.84e-08; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991141

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057771249.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057771249.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057771249.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771249.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771249.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:18156156 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr1:18156214 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B57
Chr1:18156256 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C30
Chr1:18156281 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:18156292 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,C30
Chr1:18156301 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,C30
Chr1:18156303 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:18156312 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B139,B75,C51,C78,C87
Chr1:18156319 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B48,C34,C35
Chr1:18156352 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr1:18156367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr1:18156376 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B40,B94,C32,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915266.1
ATGACCAAACAGAACATGGAGTCACAGTCTGCTACAATCAAGCGTCTTGAGACAACCGTTGGACAACTCTCAGGGACCTTGAACCAGATGCAACAGCAGCAACAACCAGGGAAGCTCCATGGCCAAGGATTGCAGCCTCATCAAGCTCAAGCTGTCACAGTCCTACGGAGTGGAAAAAAAGTGGACAACAAAGTGGAGATCCCTACTGACGAGCCCCCTAAGGAAACTTGTGAGGAGGAGATGGTGAAAGAAGTACCCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991141
ATGACCAAACAGAACATGGAGTCACAGTCTGCTACAATCAAGCGTCTTGAGACAACCGTTGGACAACTCTCAGGGACCTTGAACCAGATGCAACAGCAGCAACAACCAGGGAAGCTCCATGGCCAAGGATTGCAGCCTCATCAAGCTCAAGCTGTCACAGTCCTACGGAGTGGAAAAAAAGTGGACAACAAAGTGGAGATCCCTACTGACGAGCCCCCTAAGGAAACTTGTGAGGAGGAGATGGTGAAAGAAGTACCCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771249.1
MTKQNMESQSATIKRLETTVGQLSGTLNQMQQQQQPGKLHGQGLQPHQAQAVTVLRSGKKVDNKVEIPTDEPPKETCEEEMVKEVPPPREEEQQGEPSVKLHKATKPYRPPIPYPGRLRNEKQDQQFTDFYNMLAKVNVNLPLLDVIRNVPAYVKFFKELASKKRKFVDNEKILVSEVANSIMQQPLPPKQRDPDRSVRYPRGVIEDILVRVGGLIVPVDFVVLEIGEVHENGKEHTLLLGRPFMATTNTLIDVKNGTIK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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