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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000002

染色体: Chr07 坐标: 1939-3355 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000002
名称SmilChr07G000002
描述uncharacterized SmilChr07G000002
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向1939 - 3355 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991193
GeneID130991193
locus_tag-
NCBI NameLOC130991193
原始查询LOC130991193

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述fanconi anemia group D2 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819947]; symbol=AT3G07568; hit=AT3G07568; species=arabidopsis; confidence=low
产物fanconi anemia group D2 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819947]; symbol=AT3G07568; hit=AT3G07568; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G07568 (AT3G07568)
fanconi anemia group D2 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819947]
identity=46.3; qcov=0.944; evalue=5.63e-16; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991193

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057771271.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057771271.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.80000 XP_057771271.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771271.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771271.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2079 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B47
Chr7:2079 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr7:2112 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915290.1
TGAAAAGAAAAATTATGCCAAACGGGGATTTGAGTATTTGACTCCGACCGAGTAGGTTTCTACACGGTCGTCTTCTCCTGCAAGCGTAAAACAAGCTTCACAATTCACAATTCAAAAGGAAAAAAACATAAAAAATGATGCGAACGAGGTTTTTGTGGTTTGGGCTAGGATTCGCCTCTGCTTCTGGAGCAATTGCGCAGTTTGTGGTCAAGGATCTGTGGACGGATCGCAGTTCCCTTACTTCTCAGTTGACGGAAAAG...
XM_057915288.1
ACAATTCAAAAGGAAAAAAACATAAAAAATGATGCGAACGAGGTTTTTGTGGTTTGGGCTAGGATTCGCCTCTGCTTCTGGAGCAATTGCGCAGTTTGTGGTCAAGGATCTGTGGACGGATCGCAGTTCCCTTACTTCTCAGTTGACGGAAAAGTTCAATTCGTTGGATACGCGAGTGTCCAATTTGGAGTCTGTGATTTCCACAAAACCAACTTCACCTCAGGTTCATTGTTTATATGTTAAGTCCTGAGTACTGTTGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130991193
ATGATGCGAACGAGGTTTTTGTGGTTTGGGCTAGGATTCGCCTCTGCTTCTGGAGCAATTGCGCAGTTTGTGGTCAAGGATCTGTGGACGGATCGCAGTTCCCTTACTTCTCAGTTGACGGAAAAGTTCAATTCGTTGGATACGCGAGTGTCCAATTTGGAGTCTGTGATTTCCACAAAACCAACTTCACCTCAGGATGAAGGGAACCTTGGATGA
LOC130991193
ATGATGCGAACGAGGTTTTTGTGGTTTGGGCTAGGATTCGCCTCTGCTTCTGGAGCAATTGCGCAGTTTGTGGTCAAGGATCTGTGGACGGATCGCAGTTCCCTTACTTCTCAGTTGACGGAAAAGTTCAATTCGTTGGATACGCGAGTGTCCAATTTGGAGTCTGTGATTTCCACAAAACCAACTTCACCTCAGGTTCATTGTTTATATGTTAAGTCCTGA

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057771271.1
MMRTRFLWFGLGFASASGAIAQFVVKDLWTDRSSLTSQLTEKFNSLDTRVSNLESVISTKPTSPQVHCLYVKS
XP_057771273.1
MMRTRFLWFGLGFASASGAIAQFVVKDLWTDRSSLTSQLTEKFNSLDTRVSNLESVISTKPTSPQDEGNLG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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