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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000011

染色体: Chr07 坐标: 60557-66213 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000011
名称SmilChr07G000011
描述uncharacterized GPI-anchored protein At1g61900
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向60557 - 66213 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991201
GeneID130991201
locus_tag-
NCBI NameLOC130991201
原始查询LOC130991201

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GPI-anchored protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817621]; symbol=AT2G30700; hit=AT2G30700; species=arabidopsis; confidence=high
产物GPI-anchored protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817621]; symbol=AT2G30700; hit=AT2G30700; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G30700 (AT2G30700)
GPI-anchored protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817621]
identity=64.9; qcov=1; evalue=7.81e-170; confidence=high
RiceOs10g0534100
-
identity=54.6; qcov=0.997; evalue=3.77e-145; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane)
KEGG-
PfamPF19160 (SPARK); PF26584 (At1g61900)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991201

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057771283.1
2 Cell wall 细胞壁 0.60000 XP_057771285.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771283.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771283.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771283.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:60775 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr7:60785 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B32
Chr7:60785 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 B32
Chr7:61000 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr7:61018 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B100,B53,B89,C49
Chr7:61087 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B40,B87,C19,C36
Chr7:62110 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 D11
Chr7:62110 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 D11
Chr7:62767 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:62957 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:63008 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:63064 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771283.1
469 aa
N
1
234
469
SPARK
At1g61900
C
PF19160 SPARK 94-246 aa PF26584 At1g61900 295-368 aa
XP_057771284.1
466 aa
N
1
233
466
SPARK
At1g61900
C
PF19160 SPARK 94-246 aa PF26584 At1g61900 295-368 aa
XP_057771285.1
378 aa
N
1
189
378
SPARK
At1g61900
C
PF19160 SPARK 94-246 aa PF26584 At1g61900 295-368 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771283.1 Pfam PF19160 SPARK Domain 94 246 4.1e-23 83.2 SPARK
XP_057771283.1 Pfam PF26584 At1g61900 Domain 295 368 4.2e-31 107.6 At1g61900-like domain
XP_057771284.1 Pfam PF19160 SPARK Domain 94 246 4e-23 83.3 SPARK
XP_057771284.1 Pfam PF26584 At1g61900 Domain 295 368 4.2e-31 107.6 At1g61900-like domain
XP_057771285.1 Pfam PF19160 SPARK Domain 94 246 2.3e-23 84.1 SPARK
XP_057771285.1 Pfam PF26584 At1g61900 Domain 295 368 3e-31 108.1 At1g61900-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915301.1
ACTAACATCCTTGTGCTCACTTCTTCAGGTAATTTACCTTCACTCTCCTAAAACACACACACATACACATACTATACTACTAATATATTTTTTTTACTTTAGTTGATTTTTTTCAAGGGTTCATAGTTTTATTCTTAACAACATCGATAATATGACACAGTAAATTGATATTTAAAACGATAAATAATGTACAATATAGTAAACTGTAAAATTTATATATTGCTTTACCACACATGTTTCATGTAGCTATATATATATAT...
XM_057915300.1
ACTAACATCCTTGTGCTCACTTCTTCAGGTAATTTACCTTCACTCTCCTAAAACACACACACATACACATACTATACTACTAATATATTTTTTTTACTTTAGTTGATTTTTTTCAAGGGTTCATAGTTTTATTCTTAACAACATCGATAATATGACACAGTAAATTGATATTTAAAACGATAAATAATGTACAATATAGTAAACTGTAAAATTTATATATTGCTTTACCACACATGTTTCATGTAGCTATATATATATAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130991201
ATGGATGGTTTTAAAACTGCTACGCGGCTCAAGGGCTCTTGGTGTTATTGGTTACTACAGTTTGCTATCTGGCTGTGTAGCATCAGTGATGTGCTGGCTCTGAAGACGCCAACCCCCAGTGAGGTCTCTTCAGCATCTTTGCTAGCTAGCCCTCCTAAAAGTGGTATTTTTAAACCCATTGACGTATCACCTGCTGTTATTCCGCATTATTCGTTTCCGGGTGGTTCTTTGCCGCCAATGTATCCCACCTATCCAACCAC...
LOC130991201
ATGGATGGTTTTAAAACTGCTACGCGGCTCAAGGGCTCTTGGTGTTATTGGTTACTACAGTTTGCTATCTGGCTGTGTAGCATCAGTGATGTGCTGGCTCTGAAGACGCCAACCCCCAGTGAGGTCTCTTCAGCATCTTTGCTAGCTAGCCCTCCTAAAAGTGGTATTTTTAAACCCATTGACGTATCACCTGCTGTTATTCCGCATTATTCGTTTCCGGGTGGTTCTTTGCCGCCAATGTATCCCACCTATCCAACCAC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057771283.1
MDGFKTATRLKGSWCYWLLQFAIWLCSISDVLALKTPTPSEVSSASLLASPPKSGIFKPIDVSPAVIPHYSFPGGSLPPMYPTYPTTYEPVLTGRCPVNFSAISGIMEITASDCIQPLAGVVANVICCPQFNSLLHIFQGFYSTSSDNLVLQNAVADDCFKDIVSILASRGANNSIPIICSAKSTNLTGGSCPVKDITTFEKTVNTSKLLDACSTIDPLKECCRSICQPVIMEAALKLSGVQSYMNDNKDAVGLSNHVDI...
XP_057771284.1
MDGFKTATRLKGSWCYWLLQFAIWLCSISDVLALKTPTPSEVSSASLLASPPKSGIFKPIDVSPAVIPHYSFPGGSLPPMYPTYPTTYEPVLTGRCPVNFSAISGIMEITASDCIQPLAGVVANVICCPQFNSLLHIFQGFYSTSSDNLVLQNAVADDCFKDIVSILASRGANNSIPIICSAKSTNLTGGSCPVKDITTFEKTVNTSKLLDACSTIDPLKECCRSICQPVIMEAALKLSGVQSYMNDNKDAVGLSNHVDI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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