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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000016

染色体: Chr07 坐标: 79023-83329 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000016
名称SmilChr07G000016
描述uncharacterized SmilChr07G000016
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向79023 - 83329 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991206
GeneID130991206
locus_tag-
NCBI NameLOC130991206
原始查询LOC130991206

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817622]; symbol=AT2G30710; hit=AT2G30710; species=arabidopsis; confidence=high
产物Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817622]; symbol=AT2G30710; hit=AT2G30710; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G30710 (AT2G30710)
Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817622]
identity=70.8; qcov=0.965; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0515800 (TBC22A)
-
identity=67.7; qcov=0.967; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005096 (GTPase activator activity); GO:0090630 (activation of GTPase activity)
KEGG-
PfamPF00566 (RabGAP-TBC); PF23436 (RabGap-TBC_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991206

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057771291.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057771291.1
3 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.40000 XP_057771291.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057771291.1
5 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.40000 XP_057771291.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:79153 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr7:79225 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr7:80722 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B43,C21
Chr7:82996 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771291.1
451 aa
N
1
226
451
RabGAP-TBC
RabGap-TBC_2
C
PF00566 RabGAP-TBC 158-398 aa PF23436 RabGap-TBC_2 295-417 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771291.1 Pfam PF00566 RabGAP-TBC Family 158 398 6.3e-48 164.0 Rab-GTPase-TBC domain
XP_057771291.1 Pfam PF23436 RabGap-TBC_2 Domain 295 417 8e-10 39.5 RabGAP TBC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915308.1
AGAATTTAAAAAAAAAAAGGTTAAAAATGGAAGAGTTGGTATGTAAGGACCAAAGGCAACAGAAAACTGATCAAAAGTTCATTTTTTTCGGGCATGATTATGAAAAATAAAAAGAGATTATGAAAAATCTCAGAGGTGGAGAAGAAGATCGCAACAACAAAGAAACTGCTTCTTCTTCATCTGCAAATTTCGATTCCAGATTCAGCCAAACTCTCAAAAACATTCAAGGGTTGCTCAAAGGTCGCAGTTTTCCTGGTAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991206
ATGAAAAATCTCAGAGGTGGAGAAGAAGATCGCAACAACAAAGAAACTGCTTCTTCTTCATCTGCAAATTTCGATTCCAGATTCAGCCAAACTCTCAAAAACATTCAAGGGTTGCTCAAAGGTCGCAGTTTTCCTGGTAAAATATCGATAACAAGGTGTTCGGATCCTCTTGACCCATCATTTTTGCCTTCACCACTACGTGACAGGAGGTTTTCAGACAGTGATGCTGGTCAAGTGGGACAAACACATAGATTGACTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771291.1
MKNLRGGEEDRNNKETASSSSANFDSRFSQTLKNIQGLLKGRSFPGKISITRCSDPLDPSFLPSPLRDRRFSDSDAGQVGQTHRLTEGKLENRISSNAVSAGDHTDTLNMGSKNMTIPNMGARATDSARLMKFTKELSEPTLVIEKLRELAWSGVPQYLRPTVWRLLLGYAPSNSDRREAVLRRKRVEYLDCVALHYDIPDTERTEEEITMLRQIALDCPRTVPDVSFFQQEEVQKSLERILYTWAIRHPASGYVQGIND...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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