当前解析结果
SmilChr07G000015| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000015 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000015 |
| 描述 | stress-response A/B barrel domain-containing protein HS1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 76801 - 77461 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991209 |
|---|---|
| GeneID | 130991209 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991209 |
| 原始查询 | LOC130991209 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | stress-response A/B barrel domain-containing protein HS1-like |
| 产物 | stress-response A/B barrel domain-containing protein HS1-like |
| Arabidopsis | AT3G17210 (HS1)heat stable protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820980] identity=52.8; qcov=0.991; evalue=8.39e-40; confidence=medium |
| Rice | Os01g0516600 (B1108H10.11-1)- identity=56.4; qcov=0.927; evalue=6.71e-39; confidence=medium |
| GO | GO:0009865 (pollen tube adhesion) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07876 (Dabb) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991209 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057771294.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057771294.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057771294.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771294.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771294.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:76895 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C65 |
Chr7:76905 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:77132 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B28,B29,C16,C39 |
Chr7:77161 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B2,B82 |
Chr7:77166 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B38,B39 |
Chr7:77228 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B10,B44,C83 |
Chr7:77229 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C78,C85 |
Chr7:77237 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B51 |
Chr7:77239 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B108,B131,C21 |
Chr7:77291 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B122,B40,B87 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771294.1PF07876
Dabb 8-103 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771294.1 |
Pfam | PF07876 |
Dabb | Domain | 8 | 103 | 1.6e-21 | 77.5 | Stress responsive A/B Barrel Domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。