Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000025`

染色体: Chr07 坐标: 112773-116077 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000025`
名称	SmilChr07G000025
描述	probable serine/threonine-protein kinase PBL3
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	112773 - 116077 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991214`
GeneID	`130991214`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991214`
原始查询	`LOC130991214`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable serine/threonine-protein kinase PBL3
产物	probable serine/threonine-protein kinase PBL3
Arabidopsis	`AT2G02800` (APK2B) protein kinase 2B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814810] identity=48.4; qcov=0.871; evalue=1.27e-97; confidence=high
Rice	`Os03g0274800` (OsRLCK107) - identity=46.9; qcov=0.851; evalue=2.72e-93; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991214

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057771299.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057771299.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771299.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771299.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771299.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:113159`	`T`	`TGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	91	A1,A15,A20,A21,A7,B10,B105,B107,B108,B112,B113,B118,B119,B12,B121,B126,B13,B134,B136,B139,B14,B140,B18,B21,B24,B27,B3,B30,B37,B44,B45,B50,B51,B53,B54,B56,B57,B59,B6,B61,B62,B65,B66,B68,B7,B70,B87,B91,B94,B96,B98,B99,C1,C13,C14,C17,C19,C20,C21,C28,C3,C31,C35,C39,C4,C42,C44,C45,C47,C49,C52,C53,C54,C57,C58,C6,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C7,C74,C75,C78,C8,C85,D11,D5,D6
`Chr7:113173`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B23,B78,C58
`Chr7:113196`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C50
`Chr7:113196`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C50
`Chr7:113409`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	D10
`Chr7:113409`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	D10
`Chr7:113447`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B27,B91
`Chr7:113447`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B27,B91
`Chr7:113825`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B80,C62
`Chr7:114513`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,B131,B84
`Chr7:114659`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D11
`Chr7:114659`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771299.1

356 aa

178

356

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00069 Pkinase 81-342 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 82-345 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771299.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	81	342	1.6e-31	110.4	Protein kinase domain
`XP_057771299.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	82	345	1.5e-36	126.8	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915316.1
ATCAATGAAGTAATAAGAGAAAGGTTGATATACAAAGTTATGCGACTGGCTGCAGACGAAAATGTTGACTGAGAAACTAGGAACGATATACTCTGTAATAATTTTGTTGAGAGTTGGAAGTCGCTGAGTAGCTATGTTTGATTAATTTTAGAAAGACAGAATCACAATGTCAAGGGTTTATGATAGCTGGGAGAAATTGGTCGGTGCTGTTCTCGACAGGGAGGAGCTCCGCCGACTTGCTCTTTGCGACAGCTTCACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991214
ATGTCAAGGGTTTATGATAGCTGGGAGAAATTGGTCGGTGCTGTTCTCGACAGGGAGGAGCTCCGCCGACTTGCTCTTTGCGACAGCTTCACCACCTCCAATTATTCCGATCACAGCTCGCGCTTCAGTTTCGACTCCTCCGCTGCATCTTCCGGACGTAACAATTTCTCGTACCCCATTGCACGGCCCATAGAGTTGAAAGAGATTAGAAAAGCGACAGAAAACTTTCGACCAGCCATGTTCATAGGGCAAGGAGTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771299.1
MSRVYDSWEKLVGAVLDREELRRLALCDSFTTSNYSDHSSRFSFDSSAASSGRNNFSYPIARPIELKEIRKATENFRPAMFIGQGVMCQAFRAWIDEHALVASKPGSGMAVTVKKWCNYLERHQDWLKKIDYLVQLRHPKLVNLVGYCTEEDNMMLVYEFMPNGSLSDHLFTTQNQSLPWTRRIRVALDVARGLCYLHDRDRPIIHRDFKLDNIFLDWELNAKLSNYSYGTDDPTGEKACVGTHQVFVAHGYTAPEYTLK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器