Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000028`

染色体: Chr07 坐标: 122964-124655 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000028`
名称	SmilChr07G000028
描述	probable serine/threonine-protein kinase PBL3
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	122964 - 124655 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991218`
GeneID	`130991218`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991218`
原始查询	`LOC130991218`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable serine/threonine-protein kinase PBL3
产物	probable serine/threonine-protein kinase PBL3
Arabidopsis	`AT2G02800` (APK2B) protein kinase 2B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814810] identity=50.7; qcov=1.03; evalue=1.79e-105; confidence=high
Rice	`Os10g0405100` (OsRLCK299) - identity=49.7; qcov=1.03; evalue=1.15e-103; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991218

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057771304.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057771304.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771304.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771304.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771304.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:123211`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C24
`Chr7:123211`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C24
`Chr7:123337`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	16	A18,A23,A9,B114,B117,B127,B13,B16,B42,B43,B67,B95,C29,C71,C76,C84
`Chr7:123389`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr7:123559`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,B64
`Chr7:123805`	`T`	`TCC`	2bp_insertion	frameshift_variant	123	A10,A14,A15,A20,A25,A3,B1,B10,B102,B103,B106,B108,B113,B118,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B127,B13,B130,B132,B135,B138,B139,B14,B140,B15,B18,B19,B2,B22,B23,B25,B26,B29,B3,B30,B32,B36,B38,B4,B41,B44,B45,B48,B51,B52,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B63,B64,B65,B69,B73,B78,B79,B81,B82,B85,B86,B87,B89,B90,B91,B92,B94,B95,B96,B99,C12,C16,C18,C2,C23,C24,C26,C33,C35,C37,C38,C4,C44,C47,C49,C5,C50,C51,C53,C54,C58,C59,C6,C61,C62,C63,C65,C72,C73,C74,C75,C77,C8,C80,C82,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D5,D6,D9
`Chr7:124034`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr7:124049`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr7:124431`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B130
`Chr7:124507`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B52
`Chr7:124507`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771304.1

292 aa

146

292

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00069 Pkinase 17-286 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 19-288 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771304.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	17	286	2e-28	100.3	Protein kinase domain
`XP_057771304.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	19	288	1.2e-35	123.8	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915321.1
GTAATGAGCAATTTGAAGTCCATTCATACAGTTTGGAAGTTCAAATTATAAAGTTTTTCTGCCTCTATATTGATCACTTTTTTTCCCTTGTGAATTTGCTAAGGTTCTTCCATGATGGCCATAGAATATGAAGAGATAAGAAAAGCTACCAAAAACTTCCAATCCGACCGGTTGGTAGGGAGAGGAGGATCTAGTAGCATTTACAAGGGATGGATTGACGAGCACAATCTTACCGCGGTGAAGCCTGGATCTGGAATTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991218
ATGATGGCCATAGAATATGAAGAGATAAGAAAAGCTACCAAAAACTTCCAATCCGACCGGTTGGTAGGGAGAGGAGGATCTAGTAGCATTTACAAGGGATGGATTGACGAGCACAATCTTACCGCGGTGAAGCCTGGATCTGGAATTGTTGTTGCTATCAAGAAGATGAATCTTGAAGGACATCAAGAACATAAGGAGTGGGTGGATGAAATAATTTATCTGAGCCAACTCCGTCACCCGAATTTGGTGAAGCTCATTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771304.1
MMAIEYEEIRKATKNFQSDRLVGRGGSSSIYKGWIDEHNLTAVKPGSGIVVAIKKMNLEGHQEHKEWVDEIIYLSQLRHPNLVKLIGYGCNTDKRIVVYEFMPKGSLNNHLFTRVHEALPWATRTKVAIGAATALAFLHGLETPVIHGAIKSSDILLDADFNAKLSNFGIVRYSGRIQQVIVPYIAPECWATGCSTTRCDVFGFGGVLLELMSGLPVIDRMRPAEKRDLVKWATPYLKDKRRVWKVVDSRLMGEYPQEEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器