Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000030`

染色体: Chr07 坐标: 130075-131990 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000030`
名称	SmilChr07G000030
描述	uncharacterized SmilChr07G000030
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	130075 - 131990 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991220`
GeneID	`130991220`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991220`
原始查询	`LOC130991220`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DUF1365 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839892]; symbol=AT1G30130; hit=AT1G30130; species=arabidopsis; confidence=high
产物	DUF1365 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839892]; symbol=AT1G30130; hit=AT1G30130; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G30130` (AT1G30130) DUF1365 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839892] identity=49.3; qcov=0.866; evalue=2.37e-91; confidence=high
Rice	`Os07g0153300` - identity=50; qcov=0.51; evalue=9.72e-46; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07103 (DUF1365)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991220

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.80000	`XP_057771308.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.60000	`XP_057771308.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057771308.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771308.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771308.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:130127`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C69
`Chr7:130127`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C69
`Chr7:130167`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr7:130200`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B106,B121,B36,C87
`Chr7:130260`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,B70,C12
`Chr7:130326`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:130328`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C25,C5,C65
`Chr7:130344`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B8,C19,C36,C39,C75
`Chr7:130910`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B14
`Chr7:130910`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B14
`Chr7:131133`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr7:131146`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771308.1

314 aa

157

314

DUF1365

PF07103 DUF1365 94-257 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771308.1`	Pfam	`PF07103`	DUF1365	Family	94	257	3.4e-31	109.4	Protein of unknown function (DUF1365)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915325.1
TAGTCTTCCCTAAACAACATGATTCCGTTGTTTATCATTTGCTACTTCATCTACACTACATTCACTACCACCATATTATCTCTCCTCCTCGGCTTCCGCCTCCTCAGCCGCCGCCTTTTCACTTCGAGCGCCGCCGAGGAGAATGTCGGAAATGTCATCGCACTCTATGAAGGCACTCTCCATCACGAGCGGCGCAACCCGGTCCGCAACTCCTTCCGGTTCACCACCCGTTTTGCCCTCATCGACCTCGACCGTGCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991220
ATGATTCCGTTGTTTATCATTTGCTACTTCATCTACACTACATTCACTACCACCATATTATCTCTCCTCCTCGGCTTCCGCCTCCTCAGCCGCCGCCTTTTCACTTCGAGCGCCGCCGAGGAGAATGTCGGAAATGTCATCGCACTCTATGAAGGCACTCTCCATCACGAGCGGCGCAACCCGGTCCGCAACTCCTTCCGGTTCACCACCCGTTTTGCCCTCATCGACCTCGACCGTGCGCCCTACGCGCCGCCCACGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771308.1
MIPLFIICYFIYTTFTTTILSLLLGFRLLSRRLFTSSAAEENVGNVIALYEGTLHHERRNPVRNSFRFTTRFALIDLDRAPYAPPTYLSADEARRNAKTNGPVFLLTTLPSLGYRSTPVSYYYCYDIEDSKKVFKKCIVEGTNTPWGETITFVFNPSSDSVPKCQYISAFSDMLGHWRLKVSEPGEDLYAYISIEHPNFGNNYFIATLKAKKVEISSTTPDDLEAFFWLQPHRGSIITYWIGMKLWWKNAHFHEHPSKER...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器