Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000045`

染色体: Chr07 坐标: 190454-192779 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000045`
名称	SmilChr07G000045
描述	endochitinase A-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	190454 - 192779 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991232`
GeneID	`130991232`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991232`
原始查询	`LOC130991232`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	endochitinase A-like
产物	endochitinase A-like
Arabidopsis	`AT3G54420` (EP3) homolog of carrot EP3-3 chitinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824608] identity=50.5; qcov=1.01; evalue=4.98e-91; confidence=high
Rice	`Os02g0605900` (Cht6) - identity=54.2; qcov=0.926; evalue=9.6e-97; confidence=high
GO	GO:0004568 (chitinase activity); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0006032 (chitin catabolic process); GO:0008061 (chitin binding); GO:0016998 (cell wall macromolecule catabolic process)
KEGG	smil00520 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00182 (Glyco_hydro_19)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991232

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057771323.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057771323.1`
3	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057771323.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771323.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771323.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:190604`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr7:190619`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B28,C63,C84
`Chr7:190619`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B28,C63,C84
`Chr7:190622`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B28,C63,C84
`Chr7:190622`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B28,C63,C84
`Chr7:190669`	`GGA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B23,C58
`Chr7:190669`	`GGA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B23,C58
`Chr7:190707`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C24,D11
`Chr7:190845`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr7:190863`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B111,B16,B75,B9,B93
`Chr7:190966`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B52
`Chr7:192128`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B136,B57,B78,C20,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771323.1

269 aa

134

269

Glyco_hydro_19

PF00182 Glyco_hydro_19 67-214 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771323.1`	Pfam	`PF00182`	Glyco_hydro_19	Domain	67	214	5.4e-48	164.5	Chitinase class I

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915340.1
TCAATTAAAACCAATCAAACTAAACTAAAATGCCGTGAAGAACTATCGTTGCTCCCGGGTATCCACATTCACCATACTAAGAGAGAACAAAATGATGTTGTTTATTGCTTAGCAAAAGTTGCGAGAGATATTTCTACACATCATATTTGGAATGAACCTCCGTCGTTTGTGGTGAGTCATCTCGATGTACCATCATGTATTCAATAATATATCCAATCCTTTCCCTAAAAAAATAAAAATAATAATACAACATATTTCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991232
ATGAAAAATTCCGCCACTTTGTTCACCCTTGTCTGCCTACTTCTGGCCGGCGGCGAAGTCGTCTCCGGGCAGAAGTGCGGCTGCAAGCGGGGCGAGTGCTGCAGCAAATTCGGGTTCTGCGGCAACGACAACGCCCACTGCGGCGGCAACTGCTGGGCGGGGCCGTGCAAGGGGCGCAACAGAGTGAAAGTCGGAGATATTGTGAGTGATGCCTTCTTCAATGGGATCGTAGCCAGTCAGGGCCGCCGCGGCTGCCCCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771323.1
MKNSATLFTLVCLLLAGGEVVSGQKCGCKRGECCSKFGFCGNDNAHCGGNCWAGPCKGRNRVKVGDIVSDAFFNGIVASQGRRGCPGKGFYSRPRFLLAMAAYPTFATIGSADDSKREVAAFFAHVAHETGRLCFIEEKGGQSNSKTYCDPTNAQWPCAANKHYYGRGPLKLTWNYNYGAAGRAIGFNILRNPELVAANALISIKASIWFWMENCHAPFISGKGFGATIRAINSVECNGKSPTQVSSRVEYYKEYCKQFR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器