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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000048

染色体: Chr07 坐标: 201023-272670 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000048
名称SmilChr07G000048
描述cryptochrome-1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向201023 - 272670 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991235
GeneID130991235
locus_tag-
NCBI NameLOC130991235
原始查询LOC130991235

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cryptochrome-1
产物cryptochrome-1
ArabidopsisAT1G04400 (CRY2)
cryptochrome 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839529]
identity=65.5; qcov=0.838; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0625000 (B1215B07.27-2)
-
identity=56.7; qcov=0.938; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009785 (blue light signaling pathway); GO:0009882 (blue light photoreceptor activity); GO:0032922 (circadian regulation of gene expression); GO:0043153 (entrainment of circadian clock by photoperiod); GO:0071949 (FAD binding)
KEGGsmil04712 (Circadian rhythm - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00875 (DNA_photolyase); PF03441 (FAD_binding_7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991235

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771325.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057771325.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057771325.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771325.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771325.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:202169 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr7:202205 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr7:202228 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18
Chr7:202264 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr7:202824 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr7:202863 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr7:202973 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr7:202998 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,C6
Chr7:203082 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C24,D11
Chr7:203123 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr7:203217 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B29,B46
Chr7:203277 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771325.1
643 aa
N
1
322
643
DNA_photolyase
FAD_binding_7
C
PF00875 DNA_photolyase 7-166 aa PF03441 FAD_binding_7 284-482 aa
XP_057771326.1
643 aa
N
1
322
643
DNA_photolyase
FAD_binding_7
C
PF00875 DNA_photolyase 7-166 aa PF03441 FAD_binding_7 284-482 aa
XP_057771327.1
643 aa
N
1
322
643
DNA_photolyase
FAD_binding_7
C
PF00875 DNA_photolyase 7-166 aa PF03441 FAD_binding_7 284-482 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771325.1 Pfam PF00875 DNA_photolyase Domain 7 166 2.1e-38 132.6 DNA photolyase
XP_057771325.1 Pfam PF03441 FAD_binding_7 Domain 284 482 1e-71 241.2 FAD binding domain of DNA photolyase
XP_057771326.1 Pfam PF00875 DNA_photolyase Domain 7 166 2.1e-38 132.6 DNA photolyase
XP_057771326.1 Pfam PF03441 FAD_binding_7 Domain 284 482 1e-71 241.2 FAD binding domain of DNA photolyase
XP_057771327.1 Pfam PF00875 DNA_photolyase Domain 7 166 2.1e-38 132.6 DNA photolyase
XP_057771327.1 Pfam PF03441 FAD_binding_7 Domain 284 482 1e-71 241.2 FAD binding domain of DNA photolyase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915342.1
AGTTGGAAAATTGAATCATGGCAACAGTTATAAGGCCTTGAGTTTCCAGTGATATTTTATTTGTGCATTTAGATATGGTTGAATCATGGCAACAGTTAGAAAGCCTTGAGTTTCCAATGATATTTTATTTGTGTATTTAATTGGATTTGATTGAATCATGGCAACAGTTAGAAGGCCTTGAGTTTCCAATGATATTTTATTTGTTATGCAGATTTGGTTGGCACTTTTTTGCATTATTTCTTTCCTTTTTTGTGGTCCTA...
XM_057915344.1
AGTTATAAGGCCTTGAGTTTCCAGTGATATTTTATTTGTGCATTTAGATATGGTTGAATCATGGCAACAGTTAGAAAGCCTTGAGTTTCCAATGATATTTTATTTGTGTATTTAATTGGATTTGATTGAATCATGGCAACAGTTAGAAGGCCTTGAGTTTCCAATGATATTTTATTTGTTATGCAGATTTGGTTGGCACTTTTTTGCATTATTTCTTTCCTTTTTTGTGGTCCTATGGCTGTGGATAGCATAATTTAATA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130991235
ATGGAAAACAAGTGCAAGAGCATAGTGTGGTTTAGGAGGGATTTGAGGATTGAAGACAATCCAGCTTTAGCAGCTGTTTCAAGGGATGAGAGTGTGTTACCTGTTTTCATATGGTGCCCTAAGGAGGAAGGCCCATATCACCCCGGCCGAGTTTCGAGGTGGTGGCTCAAGCACTCCCTTATTCATCTGCAGCAGTCACTCAGATCTCTTGGTGCAGACCTCGTCGTGATCAAAGCCGAGAGCACCCTCTCTGCTCTCTT...
LOC130991235
ATGGAAAACAAGTGCAAGAGCATAGTGTGGTTTAGGAGGGATTTGAGGATTGAAGACAATCCAGCTTTAGCAGCTGTTTCAAGGGATGAGAGTGTGTTACCTGTTTTCATATGGTGCCCTAAGGAGGAAGGCCCATATCACCCCGGCCGAGTTTCGAGGTGGTGGCTCAAGCACTCCCTTATTCATCTGCAGCAGTCACTCAGATCTCTTGGTGCAGACCTCGTCGTGATCAAAGCCGAGAGCACCCTCTCTGCTCTCTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057771325.1
MENKCKSIVWFRRDLRIEDNPALAAVSRDESVLPVFIWCPKEEGPYHPGRVSRWWLKHSLIHLQQSLRSLGADLVVIKAESTLSALLDCISVVGATKVVYNHLYDPISLVRDHNIKQKLVELGIDVQSYNGELLFEPWEVYDDDEQAFTTFNAYWEKCMNTQKEPASHLPPWRLALAEGAGKNTSIEALDLENESEKPSNALLGRGWSPGWSSADKTFSEFVEHHLLNYSRDRLRVGGNSTSLLSPYLHFGELSIRKVFQ...
XP_057771326.1
MENKCKSIVWFRRDLRIEDNPALAAVSRDESVLPVFIWCPKEEGPYHPGRVSRWWLKHSLIHLQQSLRSLGADLVVIKAESTLSALLDCISVVGATKVVYNHLYDPISLVRDHNIKQKLVELGIDVQSYNGELLFEPWEVYDDDEQAFTTFNAYWEKCMNTQKEPASHLPPWRLALAEGAGKNTSIEALDLENESEKPSNALLGRGWSPGWSSADKTFSEFVEHHLLNYSRDRLRVGGNSTSLLSPYLHFGELSIRKVFQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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