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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000093

染色体: Chr07 坐标: 505130-511274 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000093
名称SmilChr07G000093
描述uncharacterized SmilChr07G000093
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向505130 - 511274 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991288
GeneID130991288
locus_tag-
NCBI NameLOC130991288
原始查询LOC130991288

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc knuckle (CCHC-type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834383]; symbol=TZP; hit=AT5G43630; species=arabidopsis; confidence=low
产物zinc knuckle (CCHC-type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834383]; symbol=TZP; hit=AT5G43630; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G43630 (TZP)
zinc knuckle (CCHC-type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834383]
identity=33.7; qcov=0.793; evalue=1.92e-70; confidence=low
RiceOs01g0775100 (P0490D09.29-2)
-
identity=46; qcov=0.138; evalue=4.3e-27; confidence=weak
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF03126 (Plus-3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991288

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771388.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771388.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771388.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771388.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057771388.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:506846 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr7:506855 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B38,B39,B83,C18,C59
Chr7:506901 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C29,C83
Chr7:507073 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr7:507100 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,C8
Chr7:507196 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B81
Chr7:507329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr7:507397 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,C8
Chr7:507559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,C74,D3
Chr7:507691 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr7:507776 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr7:507855 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771388.1
914 aa
N
1
457
914
Plus-3
C
PF03126 Plus-3 791-888 aa
XP_057771389.1
914 aa
N
1
457
914
Plus-3
C
PF03126 Plus-3 791-888 aa
XP_057771391.1
914 aa
N
1
457
914
Plus-3
C
PF03126 Plus-3 791-888 aa
XP_057771392.1
914 aa
N
1
457
914
Plus-3
C
PF03126 Plus-3 791-888 aa
XP_057771393.1
914 aa
N
1
457
914
Plus-3
C
PF03126 Plus-3 791-888 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771388.1 Pfam PF03126 Plus-3 Domain 791 888 1.7e-11 45.3 Plus-3 domain
XP_057771389.1 Pfam PF03126 Plus-3 Domain 791 888 1.7e-11 45.3 Plus-3 domain
XP_057771391.1 Pfam PF03126 Plus-3 Domain 791 888 1.7e-11 45.3 Plus-3 domain
XP_057771392.1 Pfam PF03126 Plus-3 Domain 791 888 1.7e-11 45.3 Plus-3 domain
XP_057771393.1 Pfam PF03126 Plus-3 Domain 791 888 1.7e-11 45.3 Plus-3 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915409.1
TGCACTTTTTTATTATGATTAAATTAAATAATGTTGTTTGATCATTGCATACACCAACTATTTAATACTCCTATATAGACGACTGGGATACCGTTATCCACGTGGCAGCCTCTCAGCCACTTGCCCTTTGGCTCCCAAACAGTTCTGGCAGACTTCTTTCAATGGGTTGAGAATCTTTTAGATCCAAAGCGACTGCCTTCATGATTCTTGATTTCTGCTTCTTTGTCTCCCACTATCTGTGTTTGAGATAAATGCTTTAT...
XM_057915406.1
TGCACTTTTTTATTATGATTAAATTAAATAATGTTGTTTGATCATTGCATACACCAACTATTTAATACTCCTATATAGACGACTGGGATACCGTTATCCACGTGGCAGCCTCTCAGCCACTTGCCCTTTGGCTCCCAAACAGTTCTGGCAGACTTCTTTCAATGGGTTGAGAATCTTTTAGATCCAAAGCGACTGCCTTCATGATTCTTGATTTCTGCTTCTTTGTCTCCCACTATCTGTGTTTGAGATAAATGCTTTAT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130991288
ATGAATAGAAGCGATGAAGATATTGATTTGAGGCTTGCTTTGGGTTCTAGAAACTACAGTGTCGACACGAGGTTGAATAGCAGCTCGGGTGCAGGTGTAAATGCAGACTCACCAGTGGACATGCCATTTGCAGCATCCGACCCCTTGTCCGAATTAGTATGGTCGCCACACAGGGGTTTGTCTCTCAAATGTGCTGATCCGGGCTTCCCCGGTAACAGAGCTTTTCTGACTTGGAGGGAAAACGCAGACGAGAATTTAAC...
LOC130991288
ATGAATAGAAGCGATGAAGATATTGATTTGAGGCTTGCTTTGGGTTCTAGAAACTACAGTGTCGACACGAGGTTGAATAGCAGCTCGGGTGCAGGTGTAAATGCAGACTCACCAGTGGACATGCCATTTGCAGCATCCGACCCCTTGTCCGAATTAGTATGGTCGCCACACAGGGGTTTGTCTCTCAAATGTGCTGATCCGGGCTTCCCCGGTAACAGAGCTTTTCTGACTTGGAGGGAAAACGCAGACGAGAATTTAAC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057771388.1
MNRSDEDIDLRLALGSRNYSVDTRLNSSSGAGVNADSPVDMPFAASDPLSELVWSPHRGLSLKCADPGFPGNRAFLTWRENADENLTSRDIRLGSAGEAMLDEATGLRSSGGSASYGGSKGGLADKAITADATIQQGIAESSKMNAELHTDLVEAGHDRKSETAINWKFPSNLLRGRLERDASRSGVRGSAVPIRSEPLTAKVSEALVCSLPNLQARYQVDDEVTSASSDVHKTKTDAAALLIPSPTLVNVESSAENDLG...
XP_057771389.1
MNRSDEDIDLRLALGSRNYSVDTRLNSSSGAGVNADSPVDMPFAASDPLSELVWSPHRGLSLKCADPGFPGNRAFLTWRENADENLTSRDIRLGSAGEAMLDEATGLRSSGGSASYGGSKGGLADKAITADATIQQGIAESSKMNAELHTDLVEAGHDRKSETAINWKFPSNLLRGRLERDASRSGVRGSAVPIRSEPLTAKVSEALVCSLPNLQARYQVDDEVTSASSDVHKTKTDAAALLIPSPTLVNVESSAENDLG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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