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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000105

染色体: Chr07 坐标: 576408-578856 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000105
名称SmilChr07G000105
描述auxin-responsive protein IAA14-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向576408 - 578856 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991302
GeneID130991302
locus_tag-
NCBI NameLOC130991302
原始查询LOC130991302

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述auxin-responsive protein IAA14-like
产物auxin-responsive protein IAA14-like
ArabidopsisAT4G14550 (IAA14)
indole-3-acetic acid inducible 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827102]
identity=74.6; qcov=1; evalue=1.23e-116; confidence=high
RiceOs12g0601300 (OsIAA30)
-
identity=57.8; qcov=1.22; evalue=2.12e-87; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02309 (AUX_IAA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991302

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771416.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771416.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771416.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771416.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057771416.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:577208 GAA G 2bp_deletion frameshift_variant 9 A24,B113,B139,B41,B42,B63,B86,B97,C72
Chr7:577211 G GTC 2bp_insertion frameshift_variant 8 A24,B113,B139,B41,B42,B63,B86,C72
Chr7:577231 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 6 A24,B113,B139,B41,B42,C72
Chr7:577764 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr7:577950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C51,C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771416.1
228 aa
N
1
114
228
AUX_IAA
C
PF02309 AUX_IAA 9-219 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771416.1 Pfam PF02309 AUX_IAA Family 9 219 1.1e-86 291.0 AUX/IAA family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915433.1
ATGCCATTCCCCCATTTAATTTGTTTTCTTTCAATTTTATACGAAATAAACCTTCCACTTGACCCATTAATCTAACACCATCACACTAATTATAATATATTCTACATCTCGGGCAAGCAAATTAAACAAAATTAATTAACTTTAATTATTTTAGTAACATGCTCTTGATCCTAGAAGATCAATATAGTAATACGCATGCCACGTGTCGGCACGCGATCCGTGCGAATATGATAGACTAATGCACGCATTATGGTATATAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991302
ATGGAAGTTGGACTGAATTTCAAGGAAACTGAGCTGTGCCTCGGCCTCCCCGGCGGAGGTGGAGGCGGAGGCGAGAGCGACGCCGTCAAGACCTCCGGCAAGAGAGGCTTCTCCGAGACGGTTGATCTCAAGCTCAATCTCCATTCCGACGAGGCGGATCTGAAGGAGGCGGCCGAGAACTCGTCCGCCGCCGCTCCTCTTAAGGATCCGGTCAAGCCTCCTGCCAAGGCGCAAGTGGTGGGATGGCCGCCGGTGCGGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771416.1
MEVGLNFKETELCLGLPGGGGGGGESDAVKTSGKRGFSETVDLKLNLHSDEADLKEAAENSSAAAPLKDPVKPPAKAQVVGWPPVRSFRKNAMAKQKSGGEEAACSGGGAAFVKVSMDGAPYLRKVDLKMYATYKELSDALAKMFSSFTMGNYGSQGMIDFMNERKLMDLLNSSEYVPTYEDKDGDWMLVGDVPWEMFVESCKRLRIMKGSEAIGLAPRAMEKCKSRC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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