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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000110

染色体: Chr07 坐标: 613882-617091 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000110
名称SmilChr07G000110
描述exportin-2-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向613882 - 617091 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991305
GeneID130991305
locus_tag-
NCBI NameLOC130991305
原始查询LOC130991305

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述exportin-2-like
产物exportin-2-like
ArabidopsisAT2G46520 (AT2G46520)
cellular apoptosis susceptibility protein, putative / importin-alpha re-exporter [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819263]
identity=61.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0235400
-
identity=49.1; qcov=0.558; evalue=6.19e-172; confidence=medium
GOGO:0005049 (nuclear export signal receptor activity); GO:0005635 (nuclear envelope); GO:0005829 (cytosol); GO:0006606 (protein import into nucleus); GO:0006611 (protein export from nucleus); GO:0031267 (small GTPase binding)
KEGGsmil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03378 (CAS_CSE1); PF03810 (IBN_N); PF08506 (Cse1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991305

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771419.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057771419.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.60000 XP_057771419.1
4 Nuclear pore complex 核孔复合体 0.20000 XP_057771419.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771419.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:614102 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr7:614158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B131,B50,C33,C46
Chr7:614165 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B91,C47
Chr7:614284 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr7:614294 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C33
Chr7:614660 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B21,B23,C52,C62
Chr7:614665 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 3 B111,C7,C82
Chr7:614665 CTT C 2bp_deletion CDS_variant 3 B111,C7,C82
Chr7:614668 G GCT 2bp_insertion frameshift_variant 3 B111,C7,C82
Chr7:614668 G GCT 2bp_insertion CDS_variant 3 B111,C7,C82
Chr7:614875 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr7:614981 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B133,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771419.1
975 aa
N
1
488
975
IBN_N
Cse1
CAS_CSE1
C
PF03810 IBN_N 31-108 aa PF08506 Cse1 167-535 aa PF03378 CAS_CSE1 536-965 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771419.1 Pfam PF03810 IBN_N Repeat 31 108 3.7e-12 46.8 Importin-beta N-terminal domain
XP_057771419.1 Pfam PF08506 Cse1 Repeat 167 535 5e-122 408.1 Cse1
XP_057771419.1 Pfam PF03378 CAS_CSE1 Repeat 536 965 4.9e-139 464.3 CAS/CSE protein, C-terminus

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915436.1
CTTCACACAAATCCCGCCGCCTGCCACCAGCCGCGCTCCGCCGCGCTGTCTGTTAACCCTAGGAGCCACCACTAGGCAGACCCCCGTGAATTTTGCTATTTTGATTGCTCAAATCCATATTTTTGAGTAAAACCGTTGTTGAAATCACGTTTGAACTCTTGAAATTGTTATAGATATAGATGGCAATGGAGTGGAACGACGATGCCCTACAAGTCCTGTCCCAGTGTTTCATCAACACGCTGTCGCCGCTCCCCGAGCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991305
ATGGCAATGGAGTGGAACGACGATGCCCTACAAGTCCTGTCCCAGTGTTTCATCAACACGCTGTCGCCGCTCCCCGAGCCTCGCCGCCGCGCGGAAGCGGCATTGGCGGAGGCCGCCGATCGGGCCAACTATGGGCTGGCGGTTCTCCGGCTCGTCGCGGAGCCCGCTGTGGATGAGCAGATCCGCCAATCCGCGGCTGTTAACTTCAAAAACCACCTCAAAGCTCGCTGGGCGGCGCAGAATCCCGATGACCCGGACCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771419.1
MAMEWNDDALQVLSQCFINTLSPLPEPRRRAEAALAEAADRANYGLAVLRLVAEPAVDEQIRQSAAVNFKNHLKARWAAQNPDDPDRIVMPDTEKEQIKGSIVRVMVTATPKIQPQLGEALTVIGNHDFPRQWRALLPELVVKLDELSQANDYVSVNGILAAVDSLLKKFRYEYKTNDLLLDLKYCLDSFARPLLQVFQRTACYLDHAVGSGAANAVVLKGYIESQTLCCWIFYSFNYMDLPEFFEDHMNEWMVEFNKYL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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