当前解析结果
SmilChr07G000110| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000110 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000110 |
| 描述 | exportin-2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 613882 - 617091 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991305 |
|---|---|
| GeneID | 130991305 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991305 |
| 原始查询 | LOC130991305 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | exportin-2-like |
| 产物 | exportin-2-like |
| Arabidopsis | AT2G46520 (AT2G46520)cellular apoptosis susceptibility protein, putative / importin-alpha re-exporter [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819263] identity=61.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0235400- identity=49.1; qcov=0.558; evalue=6.19e-172; confidence=medium |
| GO | GO:0005049 (nuclear export signal receptor activity); GO:0005635 (nuclear envelope); GO:0005829 (cytosol); GO:0006606 (protein import into nucleus); GO:0006611 (protein export from nucleus); GO:0031267 (small GTPase binding) |
| KEGG | smil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF03378 (CAS_CSE1); PF03810 (IBN_N); PF08506 (Cse1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991305 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057771419.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057771419.1 |
| 3 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.60000 | XP_057771419.1 |
| 4 | Nuclear pore complex | 核孔复合体 | 0.20000 | XP_057771419.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771419.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:614102 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B38,B39 |
Chr7:614158 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B108,B131,B50,C33,C46 |
Chr7:614165 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B131,B91,C47 |
Chr7:614284 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A21 |
Chr7:614294 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B131,C33 |
Chr7:614660 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B21,B23,C52,C62 |
Chr7:614665 |
CTT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B111,C7,C82 |
Chr7:614665 |
CTT |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 3 | B111,C7,C82 |
Chr7:614668 |
G |
GCT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B111,C7,C82 |
Chr7:614668 |
G |
GCT |
2bp_insertion | CDS_variant | 3 | B111,C7,C82 |
Chr7:614875 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C85 |
Chr7:614981 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B133,D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771419.1PF03810
IBN_N 31-108 aa
PF08506
Cse1 167-535 aa
PF03378
CAS_CSE1 536-965 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771419.1 |
Pfam | PF03810 |
IBN_N | Repeat | 31 | 108 | 3.7e-12 | 46.8 | Importin-beta N-terminal domain |
XP_057771419.1 |
Pfam | PF08506 |
Cse1 | Repeat | 167 | 535 | 5e-122 | 408.1 | Cse1 |
XP_057771419.1 |
Pfam | PF03378 |
CAS_CSE1 | Repeat | 536 | 965 | 4.9e-139 | 464.3 | CAS/CSE protein, C-terminus |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。