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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000127

染色体: Chr07 坐标: 743683-746075 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000127
名称SmilChr07G000127
描述photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向743683 - 746075 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991321
GeneID130991321
locus_tag-
NCBI NameLOC130991321
原始查询LOC130991321

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic
产物photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5%2C chloroplastic
ArabidopsisAT5G43750 (PnsB5)
NAD(P)H dehydrogenase 18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834396]
identity=56.6; qcov=1.03; evalue=1.11e-84; confidence=high
RiceOs01g0929100
-
identity=66.5; qcov=0.816; evalue=2.36e-73; confidence=high
GOGO:0006979 (response to oxidative stress); GO:0009507 (chloroplast)
KEGG-
PfamPF28765 (PNSB5_C); PF28784 (PnsB5_helical)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991321

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057771438.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057771438.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 1.00000 XP_057771438.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771438.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771438.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:745802 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B121

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771438.1
212 aa
N
1
106
212
PnsB5_helical
PNSB5_C
C
PF28784 PnsB5_helical 113-156 aa PF28765 PNSB5_C 162-212 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771438.1 Pfam PF28784 PnsB5_helical Domain 113 156 6.2e-27 94.3 PnsB5 helical domain
XP_057771438.1 Pfam PF28765 PNSB5_C Domain 162 212 1.7e-35 121.1 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915455.1
ACAATATATTCTTAAAAATAAATCAATGGTAAATACATATCCATTAATCCATTATTATGATTTATAAAAAGGCTTGATATTTGCATGTGAACCAATGGATGCAACACACGTGGCGAAAAACTGTAATTTAAAACCATATTCCGTTATCCATACGACCGGTTGTTTGGATAATAAAAAAGAAAACTGAAACACAAATCAAAAGCTTCAAACACCTTTAAAAATGGCGGGTGCATCAGTGCTTCTCTCTAATGTAATCCCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991321
ATGGCGGGTGCATCAGTGCTTCTCTCTAATGTAATCCCCAAAACTTCCCGCGAAAGATCTGAACTTCCTAAGACCATCAATGGAAATTCACACTCGATTTTGCTGAAATTCGGTCCGAATTATGGCTTGAAGAGTTCGACGAAATTGCGGGCCGGGCTGTCGCAGGTGGAGCCGGATCTCAACGAAGATCCCAAGGACAGATGGGCGACCCCCGGGATTCTAGAGGAGGATTATGTATACGGGAAGTATGATGGACATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771438.1
MAGASVLLSNVIPKTSRERSELPKTINGNSHSILLKFGPNYGLKSSTKLRAGLSQVEPDLNEDPKDRWATPGILEEDYVYGKYDGHHTYFESDDRGSFWGSIAEDYAAIGPPTGFQGLISWLFLPAIAAGMYFDVPGEYLYIGAAVFTVVFCIIEMDKPSEPHNFEPQIYNMERGARDKLISDYNTMDIWDFNEKYGELWDFTVKKDNITKR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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