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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000129

染色体: Chr07 坐标: 758024-768818 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000129
名称SmilChr07G000129
描述putative ion channel POLLUX-like 2
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向758024 - 768818 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991323
GeneID130991323
locus_tag-
NCBI NameLOC130991323
原始查询LOC130991323

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative ion channel POLLUX-like 2
产物putative ion channel POLLUX-like 2
ArabidopsisAT5G43745 (AT5G43745)
ion channel POLLUX-like protein, putative (DUF1012) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834395]
identity=68.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0163100
-
identity=58.9; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
GOGO:0006811 (monoatomic ion transport)
KEGG-
PfamPF06241 (Castor_Poll_mid)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991323

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057771440.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057771440.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057771445.1
4 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057771445.1
5 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057771445.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:758371 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B37,B42,B43,B77
Chr7:759079 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr7:759366 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B125,B90,B92,D8
Chr7:759652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B19,B66,B86,C62
Chr7:759809 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B125,B90,B92,D8
Chr7:760348 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:761930 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr7:762209 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr7:762623 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr7:764074 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C83,C85
Chr7:764707 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B127,B41,C10,C50,C51
Chr7:764884 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771440.1
867 aa
N
1
434
867
Castor_Poll_mid
C
PF06241 Castor_Poll_mid 450-547 aa
XP_057771441.1
863 aa
N
1
432
863
Castor_Poll_mid
C
PF06241 Castor_Poll_mid 446-543 aa
XP_057771442.1
860 aa
N
1
430
860
Castor_Poll_mid
C
PF06241 Castor_Poll_mid 443-540 aa
XP_057771443.1
856 aa
N
1
428
856
Castor_Poll_mid
C
PF06241 Castor_Poll_mid 439-536 aa
XP_057771444.1
853 aa
N
1
426
853
Castor_Poll_mid
C
PF06241 Castor_Poll_mid 436-533 aa
XP_057771445.1
589 aa
N
1
294
589
Castor_Poll_mid
C
PF06241 Castor_Poll_mid 172-269 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771440.1 Pfam PF06241 Castor_Poll_mid Family 450 547 1e-47 161.2 Castor and Pollux, part of voltage-gated ion channel
XP_057771441.1 Pfam PF06241 Castor_Poll_mid Family 446 543 9.9e-48 161.2 Castor and Pollux, part of voltage-gated ion channel
XP_057771442.1 Pfam PF06241 Castor_Poll_mid Family 443 540 9.8e-48 161.2 Castor and Pollux, part of voltage-gated ion channel
XP_057771443.1 Pfam PF06241 Castor_Poll_mid Family 439 536 9.7e-48 161.2 Castor and Pollux, part of voltage-gated ion channel
XP_057771444.1 Pfam PF06241 Castor_Poll_mid Family 436 533 9.6e-48 161.2 Castor and Pollux, part of voltage-gated ion channel
XP_057771445.1 Pfam PF06241 Castor_Poll_mid Family 172 269 3.1e-48 162.8 Castor and Pollux, part of voltage-gated ion channel

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915458.1
ACAAAATGATGAAGTGGAGTCGATGGTGAACTGACATATAGGAATATCCACACTTTTTTAGATAAACTGACAAGATCGATTTGGCCTTTGGGGGAAGTCGCTTTCTTGGTTTCTTCCACTTCATTTTGTGCAAAAACAGAGACATGCACTAATGAATTTCAAGATCCTCAAGAACCCACCTTGTGTATTCGAGCTTCGAGTAATCCGGATACGAATCTCAATCCTTTCATCCCTCAGCTCAAAACCCACCTCCGTTTCTC...
XM_057915457.1
TGATGAAGTGGAGTCGATGGTGAACTGACATATAGGAATATCCACACTTTTTTAGATAAACTGACAAGATCGATTTGGCCTTTGGGGGAAGTCGCTTTCTTGGTTTCTTCCACTTCATTTTGTGCAAAAACAGAGACATGCACTAATGAATTTCAAGATCCTCAAGAACCCACCTTGTGTATTCGAGCTTCGAGTAATCCGGATACGAATCTCAATCCTTTCATCCCTCAGCTCAAAACCCACCTCCGTTTCTCTGCCAT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130991323
ATGCTGCAGTTACACAGCTTGCGGCCATGGATTTCAGCGAGGAGTTCAGAATCCGATTTGAGTTCATATAAAAGAAACGCAAGGCTGTATTCCTGCGGGTGGATTCCCTTTTCGACCTGCCACGTTGATATTATGTTAATAAACAATAGAGAAAAATGTAAAACAAGCTCCAGAATGAAGAGGAGGAAACTCAGTCCGTCAGTGAGATGCTTTTGCAGTAAAGTGAATTCTAGTCTCCCGGAGATGGATTCGAGAAGTAG...
LOC130991323
ATGCTGCAGTTACACAGCTTGCGGCCATGGATTTCAGCGAGGAGTTCAGAATCCGATTTGAGTTCATATAAAAGAAACGCAAGGCTGTATTCCTGCGGGTGGATTCCCTTTTCGACCTGCCACGTTGATATTATGTTAATAAACAATAGAGAAAAATGTAAAACAAGCTCCAGAATGAAGAGGAGGAAACTCAGTCCGTCAGTGAGATGCTTTTGCAGTAAAGTGAATTCTAGTCTCCCGGAGATGGATTCGAGAAGTAG...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057771440.1
MLQLHSLRPWISARSSESDLSSYKRNARLYSCGWIPFSTCHVDIMLINNREKCKTSSRMKRRKLSPSVRCFCSKVNSSLPEMDSRSSSEVHAFQYLLALKPVQVFGVKLVMASLSSYFLIRLIHQSYKKKIVEVVQESFRYAVQTFGASNSPFACMSNSLSKPTSLQLDVSLPSFQDIRWNIARLIYLFNIQLERNVATFFVVLLAACFSFVIIGGFLFFKFRVSKGGTQTLEDCYWEAWACLCSSSTHLKQRTRIERVI...
XP_057771441.1
MLQLHSLRPWISARSSESDLSSYKRNARLYSCGWIPFSTCHVDIMLINNREKCKTSSRMKRRKLSPSVRCFCSKVNSSLPEMDSRSSSEVHAFQYLPVQVFGVKLVMASLSSYFLIRLIHQSYKKKIVEVVQESFRYAVQTFGASNSPFACMSNSLSKPTSLQLDVSLPSFQDIRWNIARLIYLFNIQLERNVATFFVVLLAACFSFVIIGGFLFFKFRVSKGGTQTLEDCYWEAWACLCSSSTHLKQRTRIERVIGFVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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