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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000131

染色体: Chr07 坐标: 781563-784232 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000131
名称SmilChr07G000131
描述carnosic acid synthase-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向781563 - 784232 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991327
GeneID130991327
locus_tag-
NCBI NameLOC130991327
原始查询LOC130991327

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述carnosic acid synthase-like
产物carnosic acid synthase-like
ArabidopsisAT2G45550 (CYP76C4)
cytochrome P450, family 76, subfamily C, polypeptide 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819163]
identity=42.8; qcov=1.01; evalue=4.76e-145; confidence=medium
RiceOs03g0248200
-
identity=47.4; qcov=0.971; evalue=8.43e-148; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991327

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057771448.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057771448.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771448.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771448.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771448.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:781644 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A11,B134,B19
Chr7:781644 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B134,B19
Chr7:781676 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B25,C42,C71,D8
Chr7:781680 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,B132,B41,C18
Chr7:781689 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B136,B5,B94,C55,C74
Chr7:781714 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,C58
Chr7:781787 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B70,C41,C6,C80
Chr7:781820 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 5 C64,C66,C73,C84,D7
Chr7:781820 AG A 1bp_deletion CDS_variant 5 C64,C66,C73,C84,D7
Chr7:781868 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B7,D4
Chr7:781894 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B37,B77,C64,C66
Chr7:782050 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,B64,B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771448.1
491 aa
N
1
246
491
p450
C
PF00067 p450 30-480 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771448.1 Pfam PF00067 p450 Domain 30 480 3.6e-102 343.2 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915465.1
CAAAATAACCAAACCAAAAATGCAAATTCTCATTCTTCTCTCCCTGGCTTTTGCGGCGGCATGGGTCGCCTACTCATGGTGGTCGGAGCTGAGGCGGCGGAGACTCCCTCCGGGGCCGCCTCGTCTCCCGATCATCGGCAACATCCTCCAGCTCGGTCCAAACCCCCATAAGTCGTTCGCCCACCTCGCCAAAACCTACGGCCCCTTGATGTCCCTCCATCTCGGGAACCAATTCGCCGTCGTCGTCTCCTCCCCGGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991327
ATGCAAATTCTCATTCTTCTCTCCCTGGCTTTTGCGGCGGCATGGGTCGCCTACTCATGGTGGTCGGAGCTGAGGCGGCGGAGACTCCCTCCGGGGCCGCCTCGTCTCCCGATCATCGGCAACATCCTCCAGCTCGGTCCAAACCCCCATAAGTCGTTCGCCCACCTCGCCAAAACCTACGGCCCCTTGATGTCCCTCCATCTCGGGAACCAATTCGCCGTCGTCGTCTCCTCCCCGGAGATGGCGACGGAGGTGCTGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771448.1
MQILILLSLAFAAAWVAYSWWSELRRRRLPPGPPRLPIIGNILQLGPNPHKSFAHLAKTYGPLMSLHLGNQFAVVVSSPEMATEVLQKQGLIFANPFNPVAMRVLGHDENSVAMLPSSSAAWKKLRRVAREKLFSLQALQASQALRHERLRRLIDRVGECRGAMNVGEATFATMANIMFATLFSADYGGGSAASKVLREHVNSFARYIGLPNISDFFPIFAPFDPQGIKKKVIHHLGGLLEIVNGMIEQRLRARKESNYQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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