Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000152`

染色体: Chr07 坐标: 899627-902534 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000152`
名称	SmilChr07G000152
描述	F-box/LRR-repeat protein At3g03360-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	899627 - 902534 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991334`
GeneID	`130991334`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991334`
原始查询	`LOC130991334`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box/LRR-repeat protein At3g03360-like
产物	F-box/LRR-repeat protein At3g03360-like
Arabidopsis	`AT5G02930` (AT5G02930) F-box/RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831737] identity=26.1; qcov=0.753; evalue=6.06e-19; confidence=low
Rice	`Os07g0285700` (OsFbox364) - identity=26; qcov=0.469; evalue=2.08e-13; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF24758 (LRR_At5g56370)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991334

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057771454.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771454.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771454.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057771454.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057771454.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:899806`	`A`	`AGT`	2bp_insertion	frameshift_variant	34	A19,A20,A4,A5,A6,B101,B112,B12,B122,B136,B21,B37,B41,B46,B47,B49,B5,B50,B51,B54,B57,B72,B79,C40,C52,C55,C56,C58,C64,C66,C77,C79,C83,D11
`Chr7:899867`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	17	A4,A5,A8,B102,B112,B122,B32,B37,B41,B46,B5,B50,B54,B57,C55,C79,D11
`Chr7:899875`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	16	A4,A5,A8,B102,B112,B122,B23,B32,B37,B41,B46,B54,B57,C55,C79,D11
`Chr7:899947`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	38	A19,A4,A5,A6,A8,B102,B112,B121,B122,B133,B15,B21,B23,B25,B26,B32,B37,B41,B46,B47,B55,B57,B62,B91,C22,C3,C39,C40,C51,C54,C55,C57,C58,C66,C67,C75,C79,D11
`Chr7:900120`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B98,C16,C20,C40,C5
`Chr7:900138`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B25,B46,B62,B65
`Chr7:900138`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B25,B46,B62,B65
`Chr7:900154`	`CGG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	B18,B25,B46,B62
`Chr7:900154`	`CGG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	4	B18,B25,B46,B62
`Chr7:900191`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B25,B46,B62
`Chr7:900309`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B132,B26,B80,C51,C58
`Chr7:901179`	`AAT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	11	B135,B48,B52,B55,B66,B74,C50,C57,C62,C63,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771454.1

493 aa

246

493

F-box

LRR_At5g56370

PF00646 F-box 4-43 aa PF24758 LRR_At5g56370 92-216 aa

XP_057771455.1

493 aa

246

493

F-box

LRR_At5g56370

PF00646 F-box 4-43 aa PF24758 LRR_At5g56370 92-216 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771454.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	4	43	4.3e-05	24.0	F-box domain
`XP_057771454.1`	Pfam	`PF24758`	LRR_At5g56370	Repeat	92	216	3e-17	63.8	FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats
`XP_057771455.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	4	43	4.3e-05	24.0	F-box domain
`XP_057771455.1`	Pfam	`PF24758`	LRR_At5g56370	Repeat	92	216	3e-17	63.8	FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915472.1
ATTGTATCTCCAAAACTCCTTCCAACCCGCCGCCACTCGTCGAGTCATCCTCAGCTCATCTCTCTCACCACCGCACCATCCCAAGCCCCCACCGCCCGAAATCAATCCCCTCACCATTCAATTCTTCTTCTCTACTTTTCGCCGCCATTGTCAACCCTCCACCCCATCGACTGAAAGAAAAACACATCATTCCGTCAATTAATGTTTTCAGATTCACCGACTTCGCCGCCGCCTCCGTCGCTTCTAGAACGAGCTGAGCT...

XM_057915471.1
ATTGTATCTCCAAAACTCCTTCCAACCCGCCGCCACTCGTCGAGTCATCCTCAGCTCATCTCTCTCACCACCGCACCATCCCAAGCCCCCACCGCCCGAAATCAATCCCCTCACCATTCAATTCTTCTTCTCTACTTTTCGCCGCCATTGTCAACCCTCCACCCCATCGACTGAAAGAAAAACACATCATTCCGTCAATTAATGTTTTCAGATTCACCGACTTCGCCGCCGCCTCCGTCGCTTCTAGAACGAGCTGAGCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130991334
ATGGATAGACTCAGTGAGTTGCCGGACTCTGTTATATTTCACATATTTTGGTTCTTGCCTATGAGGGAAGTTGTTAGGACAACGATACTATCGAGGCGCTGGAAAGACCTCTGGACCACCACCCCTTTCCTTTATTTTGATGATTTTATTGAGCAGTTTGATACTAGGGATAAACTTCGAATCTTCGTTCATCGGGTTTTATCACGCTGGGATGGGGTAAAGATTTTGAAATTCAAGGTTGAATTGGATCATGAGGAATC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057771454.1
MDRLSELPDSVIFHIFWFLPMREVVRTTILSRRWKDLWTTTPFLYFDDFIEQFDTRDKLRIFVHRVLSRWDGVKILKFKVELDHEESIHRDVDLWLRFAKKYGVEELYLHMVIEDRESCLCNDDDIRWLPQFLYSCSSLKVLSIENCYFRFKGNVHWNHLKSLTIINGFGVTEDVINQIFCGSPQLEVLIMTFIDSRFENFSIRSTSLKKLSINKHFYDDYEDPSPYTTELRIWTPNLKTLEMKGIPYGKCLLMNVSSLN...

XP_057771455.1
MDRLSELPDSVIFHIFWFLPMREVVRTTILSRRWKDLWTTTPFLYFDDFIEQFDTRDKLRIFVHRVLSRWDGVKILKFKVELDHEESIHRDVDLWLRFAKKYGVEELYLHMVIEDRESCLCNDDDIRWLPQFLYSCSSLKVLSIENCYFRFKGNVHWNHLKSLTIINGFGVTEDVINQIFCGSPQLEVLIMTFIDSRFENFSIRSTSLKKLSINKHFYDDYEDPSPYTTELRIWTPNLKTLEMKGIPYGKCLLMNVSSLN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器