Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000169

染色体: Chr07 坐标: 1057378-1064170 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000169
名称SmilChr07G000169
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g25360-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向1057378 - 1064170 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991361
GeneID130991361
locus_tag-
NCBI NameLOC130991361
原始查询LOC130991361

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g25360-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g25360-like
ArabidopsisAT1G25360 (AT1G25360)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839121]
identity=61.4; qcov=0.984; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0588100
-
identity=53.3; qcov=0.953; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991361

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057771512.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057771512.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771512.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771512.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771512.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:1058059 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr7:1058293 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,C23
Chr7:1058322 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B84,C43,D7
Chr7:1058323 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B3,B54,C21
Chr7:1058392 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr7:1058488 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B98
Chr7:1058839 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:1058872 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:1058877 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:1059097 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,C21,C42
Chr7:1059101 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr7:1059115 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B16,B86,C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771512.1
806 aa
N
1
403
806
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 61-83 aa PF13041 PPR_2 119-166 aa PF01535 PPR 122-150 aa PF01535 PPR 234-259 aa PF13041 PPR_2 263-309 aa PF01535 PPR 264-294 aa PF01535 PPR 369-399 aa PF13041 PPR_2 398-445 aa PF01535 PPR 401-430 aa PF13812 PPR_3 499-545 aa PF13041 PPR_2 499-546 aa PF01535 PPR 501-530 aa PF01535 PPR 536-563 aa PF20431 E_motif 616-678 aa PF14432 DYW_deaminase 714-806 aa
XP_057771513.1
806 aa
N
1
403
806
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 61-83 aa PF13041 PPR_2 119-166 aa PF01535 PPR 122-150 aa PF01535 PPR 234-259 aa PF13041 PPR_2 263-309 aa PF01535 PPR 264-294 aa PF01535 PPR 369-399 aa PF13041 PPR_2 398-445 aa PF01535 PPR 401-430 aa PF13812 PPR_3 499-545 aa PF13041 PPR_2 499-546 aa PF01535 PPR 501-530 aa PF01535 PPR 536-563 aa PF20431 E_motif 616-678 aa PF14432 DYW_deaminase 714-806 aa
XP_057771514.1
806 aa
N
1
403
806
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 61-83 aa PF13041 PPR_2 119-166 aa PF01535 PPR 122-150 aa PF01535 PPR 234-259 aa PF13041 PPR_2 263-309 aa PF01535 PPR 264-294 aa PF01535 PPR 369-399 aa PF13041 PPR_2 398-445 aa PF01535 PPR 401-430 aa PF13812 PPR_3 499-545 aa PF13041 PPR_2 499-546 aa PF01535 PPR 501-530 aa PF01535 PPR 536-563 aa PF20431 E_motif 616-678 aa PF14432 DYW_deaminase 714-806 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771512.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 61 83 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771512.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 119 166 4.4e-80 264.3 PPR repeat family
XP_057771512.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 122 150 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771512.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 234 259 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771512.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 263 309 4.4e-80 264.3 PPR repeat family
XP_057771512.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 264 294 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771512.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 369 399 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771512.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 398 445 4.4e-80 264.3 PPR repeat family
XP_057771512.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 401 430 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771512.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 499 545 3.8e-28 98.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057771512.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 499 546 4.4e-80 264.3 PPR repeat family
XP_057771512.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 501 530 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771512.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 536 563 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771512.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 616 678 1.5e-20 73.9 E motif
XP_057771512.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 714 806 3e-42 143.1 DYW family of nucleic acid deaminases
XP_057771513.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 61 83 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771513.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 119 166 4.4e-80 264.3 PPR repeat family
XP_057771513.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 122 150 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771513.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 234 259 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771513.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 263 309 4.4e-80 264.3 PPR repeat family
XP_057771513.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 264 294 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771513.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 369 399 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771513.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 398 445 4.4e-80 264.3 PPR repeat family
XP_057771513.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 401 430 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771513.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 499 545 3.8e-28 98.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057771513.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 499 546 4.4e-80 264.3 PPR repeat family
XP_057771513.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 501 530 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771513.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 536 563 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771513.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 616 678 1.5e-20 73.9 E motif
XP_057771513.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 714 806 3e-42 143.1 DYW family of nucleic acid deaminases
XP_057771514.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 61 83 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771514.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 119 166 4.4e-80 264.3 PPR repeat family
XP_057771514.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 122 150 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771514.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 234 259 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771514.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 263 309 4.4e-80 264.3 PPR repeat family
XP_057771514.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 264 294 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771514.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 369 399 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771514.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 398 445 4.4e-80 264.3 PPR repeat family
XP_057771514.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 401 430 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771514.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 499 545 3.8e-28 98.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057771514.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 499 546 4.4e-80 264.3 PPR repeat family
XP_057771514.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 501 530 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771514.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 536 563 9e-76 245.7 PPR repeat
XP_057771514.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 616 678 1.5e-20 73.9 E motif
XP_057771514.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 714 806 3e-42 143.1 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915529.1
TTGTGATTCTTTGAGAAACCATATAATAGGACTTGCTGAAAGCTAGCAAAGATGCAATTGATACACACAACACTCAGTATGCATAACTCTCTTCTTGCTCATAAATTCATAATCCAAATGCTCCAACAAATGCTTTCTTGAGCGTTTGAATCTCCCAGAAAAATCGGATATTCCGATGAGCGGTGGTCGCCAATATGAAATACTCCGGCAAACGGTGGATGTCGGCGCCTTGGCCAATCACTACGCCGCCAAGCTTCAGC...
XM_057915530.1
TTGTGATTCTTTGAGAAACCATATAATAGGACTTGCTGAAAGCTAGCAAAGATGCAATTGATACACACAACACTCAGTATGCATAACTCTCTTCTTGCTCATAAATTCATAATCCAAATGCTCCAACAAATGCTTTCTTGAGCGTTTGAATCTCCCAGAAAAATCGGATATTCCGATGAGCGGTGGTCGCCAATATGAAATACTCCGGCAAACGGTGGATGTCGGCGCCTTGGCCAATCACTACGCCGCCAAGCTTCAGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130991361
ATGAGCGGTGGTCGCCAATATGAAATACTCCGGCAAACGGTGGATGTCGGCGCCTTGGCCAATCACTACGCCGCCAAGCTTCAGCTCTGCCACCAACGCGGCCCTTCCGGCCACCGTATCGCCGCCGGGGTCCATGCCCAGATGATTGCTTCTGGATTCATCCCAGCCAGCCACATTCGTAACCGTTTGATTGATATTTACAGCAAATCCTCCAATTTGAACTACGCGGAGAAGCTGTTCGACGAAATTCCCAAACCAGA...
LOC130991361
ATGAGCGGTGGTCGCCAATATGAAATACTCCGGCAAACGGTGGATGTCGGCGCCTTGGCCAATCACTACGCCGCCAAGCTTCAGCTCTGCCACCAACGCGGCCCTTCCGGCCACCGTATCGCCGCCGGGGTCCATGCCCAGATGATTGCTTCTGGATTCATCCCAGCCAGCCACATTCGTAACCGTTTGATTGATATTTACAGCAAATCCTCCAATTTGAACTACGCGGAGAAGCTGTTCGACGAAATTCCCAAACCAGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057771512.1
MSGGRQYEILRQTVDVGALANHYAAKLQLCHQRGPSGHRIAAGVHAQMIASGFIPASHIRNRLIDIYSKSSNLNYAEKLFDEIPKPDIVARTTMIAAYSASRSPKLARDIFEKTPLRIRDTVCYNAMITCYSHSNDGHAAIQLFNEMRRQSFGPDNFTYCSTLAALALIATREEQCQQLHCVVLKSGCALVTSVQNALLSVYVKCAASPLVSSSSLFASARKLFDEMPVKDELSWTTMITGYVKNKDLDAAREVFDGMDQ...
XP_057771513.1
MSGGRQYEILRQTVDVGALANHYAAKLQLCHQRGPSGHRIAAGVHAQMIASGFIPASHIRNRLIDIYSKSSNLNYAEKLFDEIPKPDIVARTTMIAAYSASRSPKLARDIFEKTPLRIRDTVCYNAMITCYSHSNDGHAAIQLFNEMRRQSFGPDNFTYCSTLAALALIATREEQCQQLHCVVLKSGCALVTSVQNALLSVYVKCAASPLVSSSSLFASARKLFDEMPVKDELSWTTMITGYVKNKDLDAAREVFDGMDQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器