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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000186

染色体: Chr07 坐标: 1178951-1180616 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000186
名称SmilChr07G000186
描述early light-induced protein 1, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向1178951 - 1180616 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991378
GeneID130991378
locus_tag-
NCBI NameLOC130991378
原始查询LOC130991378

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述early light-induced protein 1, chloroplastic
产物early light-induced protein 1%2C chloroplastic
ArabidopsisAT3G22840 (ELIP1)
Chlorophyll A-B binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821855]
identity=67; qcov=0.647; evalue=7.96e-49; confidence=medium
RiceOs07g0178800
-
identity=59.1; qcov=0.665; evalue=2.11e-40; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991378

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057771539.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057771539.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 1.00000 XP_057771539.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771539.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771539.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:1179111 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 11 A9,B132,B37,B42,B43,B73,B74,B77,C20,C22,C52
Chr7:1180131 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C55,C85
Chr7:1180178 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B48,B53,B58,B66,B78
Chr7:1180212 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,D10
Chr7:1180239 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B2
Chr7:1180239 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B2
Chr7:1180242 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B2,B20
Chr7:1180270 T TCG 2bp_insertion frameshift_variant 1 D3
Chr7:1180270 T TCG 2bp_insertion CDS_variant 1 D3
Chr7:1180420 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915556.1
ATTCTATCATTCATTCACAATTAGCTTTTGAAGTTTGTGTTTCAAAAACCCCATCTCCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACCACCAAATGGCTGCATCCTGCTATGGAATGTCTGCAATCTCATGTGTTGCAAGAAGCAGACAGCTACTTGGAGTTGGAGTCTCAAACTTTGTGAAGACAGATCTCAAGTTTAGAGTCAGAAGCTCGTCCCAGGATAACGAGATGCCCCAACCCAACCCAACCCCTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991378
ATGGCTGCATCCTGCTATGGAATGTCTGCAATCTCATGTGTTGCAAGAAGCAGACAGCTACTTGGAGTTGGAGTCTCAAACTTTGTGAAGACAGATCTCAAGTTTAGAGTCAGAAGCTCGTCCCAGGATAACGAGATGCCCCAACCCAACCCAACCCCTCCCAAGCCTAAGATGAGCACCAGCTTCTTCGACGTGTTGGCCTTCAGCGGGCCGGCGCCGGAGCGGATCAACGGGCGGCTGGCGATGACCGGATTTGTGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771539.1
MAASCYGMSAISCVARSRQLLGVGVSNFVKTDLKFRVRSSSQDNEMPQPNPTPPKPKMSTSFFDVLAFSGPAPERINGRLAMTGFVTAIAVELASGRDIFSQLQNGGLPWFVYTSALLSVASLVPLFSGQTPESKAGAVMTSDAELLNGRLAMLGLVALALTEYVKGGALVSL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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