当前解析结果
SmilChr07G000189| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000189 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000189 |
| 描述 | heat stress transcription factor A-6b-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 1193885 - 1195878 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130991381 |
|---|---|
| GeneID | 130991381 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991381 |
| 原始查询 | LOC130991381 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heat stress transcription factor A-6b-like |
| 产物 | heat stress transcription factor A-6b-like |
| Arabidopsis | AT3G22830 (HSFA6B)heat shock transcription factor A6B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821854] identity=47.9; qcov=1.05; evalue=3e-100; confidence=high |
| Rice | Os07g0178600 (HSFA2B)- identity=48.7; qcov=1; evalue=5.79e-97; confidence=high |
| GO | GO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00447 (HSF_DNA-bind) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991381 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057771543.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771543.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771543.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057771543.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057771543.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:1194297 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B26,C40 |
Chr7:1194298 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,D11 |
Chr7:1194339 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A13,C70 |
Chr7:1194356 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B11,B114,B17,C28,C85 |
Chr7:1194357 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B24,B37,C23,D6 |
Chr7:1194368 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C24 |
Chr7:1194376 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B10,B128,B63,B70,C49 |
Chr7:1194435 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A15 |
Chr7:1194508 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B44,B94 |
Chr7:1194529 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C24 |
Chr7:1194585 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B37,B93,C23 |
Chr7:1194652 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A10,B117,B136,C35 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771543.1PF00447
HSF_DNA-bind 23-112 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771543.1 |
Pfam | PF00447 |
HSF_DNA-bind | Domain | 23 | 112 | 5.9e-30 | 104.5 | HSF-type DNA-binding |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。