Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000197`

染色体: Chr07 坐标: 1249169-1252278 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000197`
名称	SmilChr07G000197
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	1249169 - 1252278 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991394`
GeneID	`130991394`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991394`
原始查询	`LOC130991394`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
产物	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
Arabidopsis	`AT1G53350` (AT1G53350) Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841771] identity=27.9; qcov=1.03; evalue=1.68e-75; confidence=low
Rice	`Os07g0186500` - identity=29.6; qcov=0.941; evalue=1.86e-73; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991394

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057771564.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057771564.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771564.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771564.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771564.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:1249605`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C86
`Chr7:1249615`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C86
`Chr7:1249714`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	50	A13,A18,A4,A8,A9,B105,B108,B109,B111,B114,B118,B132,B135,B139,B32,B37,B40,B42,B43,B45,B47,B52,B59,B61,B63,B68,B71,B72,B76,B77,B91,B98,C16,C20,C22,C26,C32,C34,C50,C62,C63,C65,C68,C7,C78,C83,C9,D2,D3,D7
`Chr7:1249716`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B68,C26,C62
`Chr7:1249736`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B114,B44,B84,C41
`Chr7:1249759`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C16
`Chr7:1249779`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B115,B12,B82,C20
`Chr7:1249780`	`CCA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B33,D6
`Chr7:1249780`	`CCA`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B33,D6
`Chr7:1249784`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B33,D6
`Chr7:1249784`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B33,D6
`Chr7:1249796`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,B47,B61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771564.1

853 aa

426

853

NB-ARC

WHD_DRP

LRR_14

PF00931 NB-ARC 144-312 aa PF23559 WHD_DRP 396-468 aa PF23598 LRR_14 514-737 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771564.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	144	312	7.1e-43	146.9	NB-ARC domain
`XP_057771564.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	396	468	6.4e-21	74.9	Disease resistance protein Winged helix domain
`XP_057771564.1`	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	514	737	7.2e-15	55.3	Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915581.1
TGCAAGTGCTGGAGTGAGAAGAGATCTGAAATATGGCTTACAATCTTCAATCCCTCATCACCATCCTCCAAGGGATTCTGGATCCCCAACAAACACGCTGGATTCTTGGACCTGAGAAACCACAACTCCAATCCCTCCTCCAAAAAGCATCTTACCTGCAGCAGATTCTCAAAAAATCTCCACTACTCACCAAAATACCAAGCTTGGAGTGCCAAATCAGAGACGTAGCAAATGAAGCAGAAGACATCGTTGAATCTCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991394
ATGGCTTACAATCTTCAATCCCTCATCACCATCCTCCAAGGGATTCTGGATCCCCAACAAACACGCTGGATTCTTGGACCTGAGAAACCACAACTCCAATCCCTCCTCCAAAAAGCATCTTACCTGCAGCAGATTCTCAAAAAATCTCCACTACTCACCAAAATACCAAGCTTGGAGTGCCAAATCAGAGACGTAGCAAATGAAGCAGAAGACATCGTTGAATCTCACATGGTTGAACGACTGCTCTCGATGCCAGAAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771564.1
MAYNLQSLITILQGILDPQQTRWILGPEKPQLQSLLQKASYLQQILKKSPLLTKIPSLECQIRDVANEAEDIVESHMVERLLSMPEGVNFTPLTPDVLLVTQKLDSVIEQVVKLVEVETNKKPTGSSWSGDGASFSSVVVGVDEDLMQLKDRLTANQSKLEILPIVGMGGIGKTTLARKLYQDPLIVEHFSYLAWTTISQDYNMRSILLSLLRCITGSDYEHEGDGELKDILYRSLYGRRYMIVLDDIWSTKFWDEIRMY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器