Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000208

染色体: Chr07 坐标: 1314992-1317294 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000208
名称SmilChr07G000208
描述ribosome biogenesis protein NOP53-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向1314992 - 1317294 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991407
GeneID130991407
locus_tag-
NCBI NameLOC130991407
原始查询LOC130991407

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ribosome biogenesis protein NOP53-like
产物ribosome biogenesis protein NOP53-like
ArabidopsisAT2G40430 (AT2G40430)
Nop53 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818636]
identity=56.5; qcov=0.531; evalue=8.07e-19; confidence=low
RiceOs05g0144200
-
identity=44.2; qcov=0.992; evalue=2.84e-25; confidence=medium
GOGO:0000027 (ribosomal large subunit assembly); GO:0005730 (nucleolus); GO:0006364 (rRNA processing); GO:0008097 (5S rRNA binding); GO:0046982 (protein heterodimerization activity)
KEGG-
PfamPF07767 (Nop53)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991407

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771601.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057771603.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057771603.1
4 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057771605.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771602.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771601.1
137 aa
N
1
68
137
Nop53
C
PF07767 Nop53 35-131 aa
XP_057771602.1
131 aa
N
1
66
131
Nop53
C
PF07767 Nop53 29-125 aa
XP_057771603.1
136 aa
N
1
68
136
Nop53
C
PF07767 Nop53 35-84 aa
XP_057771605.1
130 aa
N
1
65
130
Nop53
C
PF07767 Nop53 29-78 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771601.1 Pfam PF07767 Nop53 Family 35 131 6.9e-08 33.0 Nop53 (60S ribosomal biogenesis)
XP_057771602.1 Pfam PF07767 Nop53 Family 29 125 6.6e-08 33.0 Nop53 (60S ribosomal biogenesis)
XP_057771603.1 Pfam PF07767 Nop53 Family 35 84 1.3e-05 25.4 Nop53 (60S ribosomal biogenesis)
XP_057771605.1 Pfam PF07767 Nop53 Family 29 78 1e-05 25.8 Nop53 (60S ribosomal biogenesis)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

14 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091144.1
TCTCCACAAAAAAATATCATTTCACCGCCATCCACAAGTGGGCGGTTACTTATTCTCAAAATGGCCAAATGTCTTTCCTCTCCAACAGGCAAGCTCCATTCGAATTATGTTAGGGGTTCTTTTGCTTTTGCCAGATCTAGAGAGATACTACAAGTTGTCCGTCCCAGATTCCATCGCCGCGGCCATCTGGTTCACCGGTGTAGCCTTCCCAACATCAAATTCCCCAAACTCATATTTAGATTTTTACCAAAACTTCACAC...
XR_009091141.1
TCTCCACAAAAAAATATCATTTCACCGCCATCCACAAGTGGGCGGTTACTTATTCTCAAAATGGCCAAATGTCTTTCCTCTCCAACAGGCAAGCTCCATTCGAATTATGTTAGGGGTTCTTTTGCTTTTGCCAGATCTAGAGAGATACTACAAGTTGTCCGTCCCAGATTCCATCGCCGCGGCCATCTGGTTCACCGGTGTAGCCTTCCCAACATCAAATTCCCCAAACTCATATTTAGATTTTTACCAAAACTTCACAC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130991407
ATGGGCACCGGAGCGCCCATCTATATGGCTTCTGTGCTCGAGTACCTTGCCGCTGAGGTGTTGGAATTGGAAGGTCCGTGTTGCATATCAGGAGAAGTCAAGGCCAAAATAAAAAAGAAGCCCAAGTCTTGCGTTATTCCTGCTGTTGAGGTTGAACATCCTGGATGTTCATTCAATCATCATCCTAAGAGCCATCAGGATGCCTTAGCTCGTGCTGTTGCAGATGAAATGCAGAAAATTTACCAACATGAATTGGGGCC...
LOC130991407
ATGGGCACCGGAGCGCCCATCTATATGGCTTCTGTGCTCGAGTACCTTGCCGCTGAGGTGTTGGAATTGGAAGGAGAAGTCAAGGCCAAAATAAAAAAGAAGCCCAAGTCTTGCGTTATTCCTGCTGTTGAGGTTGAACATCCTGGATGTTCATTCAATCATCATCCTAAGAGCCATCAGGATGCCTTAGCTCGTGCTGTTGCAGATGAAATGCAGAAAATTTACCAACATGAATTGGGGCCTCAGCCCATCCCTTTAGT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057771601.1
MGTGAPIYMASVLEYLAAEVLELEGPCCISGEVKAKIKKKPKSCVIPAVEVEHPGCSFNHHPKSHQDALARAVADEMQKIYQHELGPQPIPLVVPGEAIDEYKYFLEADADDGTDDDDDEQNENQADDGDVDTEKSS
XP_057771602.1
MGTGAPIYMASVLEYLAAEVLELEGEVKAKIKKKPKSCVIPAVEVEHPGCSFNHHPKSHQDALARAVADEMQKIYQHELGPQPIPLVVPGEAIDEYKYFLEADADDGTDDDDDEQNENQADDGDVDTEKSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器