Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000215`

染色体: Chr07 坐标: 1377815-1380699 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000215`
名称	SmilChr07G000215
描述	protein IQ-DOMAIN 19
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	1377815 - 1380699 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991413`
GeneID	`130991413`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991413`
原始查询	`LOC130991413`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein IQ-DOMAIN 19
产物	protein IQ-DOMAIN 19
Arabidopsis	`AT4G14750` (IQD19) IQ-domain 19 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827130] identity=47.3; qcov=1.05; evalue=4.65e-95; confidence=high
Rice	`Os03g0161400` - identity=44.3; qcov=0.751; evalue=2.44e-51; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00612 (IQ); PF13178 (DUF4005)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991413

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057771612.1`
2	Cytoskeleton	细胞骨架	0.80000	`XP_057771612.1`
3	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057771612.1`
4	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057771612.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771612.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:1378087`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr7:1378162`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B18,B53,B90,C21
`Chr7:1378216`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B104
`Chr7:1378216`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B104
`Chr7:1378273`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr7:1378326`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr7:1378358`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B65,C13
`Chr7:1378511`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B95,C37,D6
`Chr7:1378514`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B109,C74
`Chr7:1378599`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B84,C41
`Chr7:1379490`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B131,B59,B82,C17,C2
`Chr7:1379519`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B113,B133,B72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771612.1

421 aa

210

421

DUF4005

PF00612 IQ 108-125 aa PF00612 IQ 133-147 aa PF13178 DUF4005 288-349 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771612.1`	Pfam	`PF00612`	IQ	Motif	108	125	1.8e-09	37.3	IQ calmodulin-binding motif
`XP_057771612.1`	Pfam	`PF00612`	IQ	Motif	133	147	1.8e-09	37.3	IQ calmodulin-binding motif
`XP_057771612.1`	Pfam	`PF13178`	DUF4005	Family	288	349	3.4e-10	41.1	Protein of unknown function (DUF4005)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915629.1
GCCAACTAAACAATCCCCATTATATATCTATATATATCTATTTATTTAATGACCAAAATGTGGCTATTTCCTCTCTGTTTCTTCTCCCACCGATGCCCATTATTACACCAATCACTATATTTTACACTTTGATAAACTGATAAACAATAGCATCACTTGTAAAAGTACATCAACCATAAAGGCTAGCAATTATTTCTCGAAAGCTACTGATCATCATATATGTGTAGAGAGAGAGAGAGAGGTGCATGAAGAAGGAAGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991413
ATGGGGAAGACAGGGAGATGGCTAAGAAACTTCTTGAGTGGCAAGAAAGAGAAGGAGAGAGAGAGAGTGAAGGAGAGAGAAAGCGACCAAATCCCCGCCACCGACCACCGCCCCACCACCCCCATCTCCACCCCCAAGGAGAAGCGCCGCTGGAGCTTCCGCCGCTCCTCCGCCGCCGCCCCGCCCAAGCACGATCCATCCCCCGCCGACCCCGTGTCCGACATTCACGTCGAAACCGATCCCAAGAAGCCCGCATTGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771612.1
MGKTGRWLRNFLSGKKEKERERVKERESDQIPATDHRPTTPISTPKEKRRWSFRRSSAAAPPKHDPSPADPVSDIHVETDPKKPALPSATVAAAVMQLPDDAAEEEAAAAAKIQAVFRGYLARKALNALKGLVKLQALVRGHLVRKQATATLRCMQALVTVQARARAQRLKMAAEETKFVDQRHYNHRKSTHGNMFRNSNQDLGLEENVKIVEMDLGDYKPATKARNSYSNHTHKEQRMWSHNDHEEQPTSDMTTSPRTL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器