当前解析结果
SmilChr01G003263| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003263 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003263 |
| 描述 | LOB domain-containing protein 22-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 51322546 - 51323993 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991421 |
|---|---|
| GeneID | 130991421 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991421 |
| 原始查询 | LOC130991421 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | LOB domain-containing protein 22-like |
| 产物 | LOB domain-containing protein 22-like |
| Arabidopsis | AT3G13850 (LBD22)LOB domain-containing protein 22 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820598] identity=62; qcov=0.507; evalue=6.33e-49; confidence=medium |
| Rice | Os08g0402100- identity=66.7; qcov=0.4; evalue=4.11e-43; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03195 (LOB) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991421 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057771622.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771622.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771622.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057771622.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057771622.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:51322924 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B14,C28,C31 |
Chr1:51322930 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B22,B41 |
Chr1:51322996 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr1:51323256 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B42,B43,C70,C85,C87 |
Chr1:51323258 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B42,B43,C70,C85,C87 |
Chr1:51323275 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B26,B94,C8,C80,D6 |
Chr1:51323756 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A14,B28,C75 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771622.1PF03195
LOB 37-132 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771622.1 |
Pfam | PF03195 |
LOB | Family | 37 | 132 | 1.1e-33 | 116.4 | Lateral organ boundaries (LOB) domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。