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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000250

染色体: Chr07 坐标: 1595743-1596702 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000250
名称SmilChr07G000250
描述uncharacterized SmilChr07G000250
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向1595743 - 1596702 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991447
GeneID130991447
locus_tag-
NCBI NameLOC130991447
原始查询LOC130991447

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817763]; symbol=AT2G32030; hit=AT2G32030; species=arabidopsis; confidence=high
产物Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817763]; symbol=AT2G32030; hit=AT2G32030; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G32030 (AT2G32030)
Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817763]
identity=50.3; qcov=0.917; evalue=3.5e-53; confidence=high
RiceOs03g0664800 (OSJNBb0031A14.3)
-
identity=50.8; qcov=0.994; evalue=6.17e-50; confidence=medium
GOGO:0016747 (acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups)
KEGG-
PfamPF00583 (Acetyltransf_1); PF13302 (Acetyltransf_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991447

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057771665.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057771665.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057771665.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771665.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771665.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:1596131 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr7:1596210 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B69
Chr7:1596210 TCA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B69
Chr7:1596316 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr7:1596467 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771665.1
180 aa
N
1
90
180
Acetyltransf_3
Acetyltransf_1
C
PF13302 Acetyltransf_3 9-144 aa PF00583 Acetyltransf_1 37-143 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771665.1 Pfam PF13302 Acetyltransf_3 Domain 9 144 5.1e-27 96.0 Acetyltransferase (GNAT) domain
XP_057771665.1 Pfam PF00583 Acetyltransf_1 Family 37 143 8.7e-15 55.7 Acetyltransferase (GNAT) family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915682.1
CTGCAAATACTAATTTCCTCGTTTTTTCCTTCACTCGCCACAACTTTCTTTTCCTTATCGACCAAGAAATTCAGCTTGTCGCCAAATTGGGCGATTCTTCATTCACAAATCCCTATAAAAGCTACATTATTTCACCAAAATTCACAGCAAACAAAAACCTAATTAATCATCCCATGGAAAAATACTCCGATTCCGACATCACTCTCCGGCCTCTGGAAATCTCCGACGCCGACGCCGCCGTGAAATGGTACATGGACGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991447
ATGGAAAAATACTCCGATTCCGACATCACTCTCCGGCCTCTGGAAATCTCCGACGCCGACGCCGCCGTGAAATGGTACATGGACGAGAAGGTGAGCGAATTCTGCTCGTGGGAGGCGTTCCCGTCGCCCGAATCGGCCGCGGATTACTTCGTGCGGCACGATCTGACCCACCCGTGGAACCGGGCGATATGCGCGTCGGGTCGGGTCGTGGGGTCGATCGCGGTGAAGCCGTTCCGCGGCAGCGACCGGTGCCGGGCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771665.1
MEKYSDSDITLRPLEISDADAAVKWYMDEKVSEFCSWEAFPSPESAADYFVRHDLTHPWNRAICASGRVVGSIAVKPFRGSDRCRAELGYGVASEYWGRGIATRAVRLAANAAFVEWGHLERLEAVVDVENAASQRVMEKAGFVREGVLRKYYLLKGKPRDAVIFSLLSTDATVNYFIDA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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