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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000255

染色体: Chr07 坐标: 1624168-1628047 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000255
名称SmilChr07G000255
描述folate-biopterin transporter 1, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向1624168 - 1628047 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991450
GeneID130991450
locus_tag-
NCBI NameLOC130991450
原始查询LOC130991450

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述folate-biopterin transporter 1, chloroplastic-like
产物folate-biopterin transporter 1%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT2G32040 (AT2G32040)
Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817764]
identity=74.5; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0172900 (P0496D04.34-1)
-
identity=75.1; qcov=0.968; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF03092 (BT1); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991450

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.80000 XP_057771671.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057771671.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771671.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771671.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771671.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:1625233 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,B56,B88,B96
Chr7:1625340 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B51,B76
Chr7:1625395 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,C15
Chr7:1625404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr7:1626176 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 6 B4,B54,C12,C15,C21,C42
Chr7:1626188 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B4,B54,C15,C21,C42
Chr7:1626835 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,C32,C68
Chr7:1626976 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr7:1627143 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:1627257 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr7:1627563 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr7:1627587 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771671.1
494 aa
N
1
247
494
BT1
MFS_1
C
PF03092 BT1 72-486 aa PF07690 MFS_1 78-432 aa
XP_057771672.1
494 aa
N
1
247
494
BT1
MFS_1
C
PF03092 BT1 72-486 aa PF07690 MFS_1 78-432 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771671.1 Pfam PF03092 BT1 Family 72 486 1.2e-146 489.6 BT1 family
XP_057771671.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 78 432 4.3e-14 52.9 Major Facilitator Superfamily
XP_057771672.1 Pfam PF03092 BT1 Family 72 486 1.2e-146 489.6 BT1 family
XP_057771672.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 78 432 4.3e-14 52.9 Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915688.1
ATCGCCGGCCTCCGGCCTCACGGAGACGTAGCCGATTGAGCGATCGCGGAGGCAGATCGAGCGGCGCCATGGATGAGGAATGGCCACTTGTTGGATGTGCGCTAGGGCTTCTTCTCTGGAGGTGATGGTGTTCCATCTCAGGGTTGACAGAAATTCCCAATCTTGCCCTCTGTAAGTCTAACTAACCCCTCCGTCGCATCGTTATCGTCATCTCCTCCTCCGATCGCCGTGGTTCCGCCGGAAACCGCCGCCGTACTCAC...
XM_057915689.1
TGTTTGTGATAAGATTATGGTTGACAGAAATTCCCAATCTTGCCCTCTGTAAGTCTAACTAACCCCTCCGTCGCATCGTTATCGTCATCTCCTCCTCCGATCGCCGTGGTTCCGCCGGAAACCGCCGCCGTACTCACGTATGTCTGTCTCCGTCGCGGTTCCGTCCGCCTCTCTCCGTCGCGATCCGAGTTCCGAGCGTTTGTTAGATTCTGGATTCCGAAGGGGGGATGAAGATACTGCAGTATCCAGTAAAGCAGCCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130991450
ATGTCTGTCTCCGTCGCGGTTCCGTCCGCCTCTCTCCGTCGCGATCCGAGTTCCGAGCGTTTGTTAGATTCTGGATTCCGAAGGGGGGATGAAGATACTGCAGTATCCAGTAAAGCAGCCCCAATCAAGAAAAAATATGCTATCAACACCATGAAATGCTTCGGGGTCGAATTATCCCCAGATAACATTGCTGTTGCTATGGTATATTTTGTTCAGGGTGTTTTGGGCCTATCCAGGATTGCAGTCAGTTTCTACTTGAA...
LOC130991450
ATGTCTGTCTCCGTCGCGGTTCCGTCCGCCTCTCTCCGTCGCGATCCGAGTTCCGAGCGTTTGTTAGATTCTGGATTCCGAAGGGGGGATGAAGATACTGCAGTATCCAGTAAAGCAGCCCCAATCAAGAAAAAATATGCTATCAACACCATGAAATGCTTCGGGGTCGAATTATCCCCAGATAACATTGCTGTTGCTATGGTATATTTTGTTCAGGGTGTTTTGGGCCTATCCAGGATTGCAGTCAGTTTCTACTTGAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057771671.1
MSVSVAVPSASLRRDPSSERLLDSGFRRGDEDTAVSSKAAPIKKKYAINTMKCFGVELSPDNIAVAMVYFVQGVLGLSRIAVSFYLKDDLHLDPAETAVISGVSSLPWLVKPLYGFISDSVPLFGYRRRSYLVLSGLLGALSWSLMATFVASKYGVAFCILLGSLSVAFSDVVVDSMVVERARGESQSMSGSLQSLCWGSSAFGSIVSSYFSGSLVGTYGVRFVFGLTALLPLITSAVAVLVKEQPVVGSMRGPNTSSDS...
XP_057771672.1
MSVSVAVPSASLRRDPSSERLLDSGFRRGDEDTAVSSKAAPIKKKYAINTMKCFGVELSPDNIAVAMVYFVQGVLGLSRIAVSFYLKDDLHLDPAETAVISGVSSLPWLVKPLYGFISDSVPLFGYRRRSYLVLSGLLGALSWSLMATFVASKYGVAFCILLGSLSVAFSDVVVDSMVVERARGESQSMSGSLQSLCWGSSAFGSIVSSYFSGSLVGTYGVRFVFGLTALLPLITSAVAVLVKEQPVVGSMRGPNTSSDS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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