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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000256

染色体: Chr07 坐标: 1628142-1630274 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000256
名称SmilChr07G000256
描述signal recognition particle 14 kDa protein
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向1628142 - 1630274 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991452
GeneID130991452
locus_tag-
NCBI NameLOC130991452
原始查询LOC130991452

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述signal recognition particle 14 kDa protein
产物signal recognition particle 14 kDa protein
ArabidopsisAT2G43640 (AT2G43640)
Signal recognition particle, SRP9/SRP14 subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818966]
identity=71.3; qcov=0.991; evalue=1.49e-50; confidence=medium
RiceOs04g0623700 (SRP14)
-
identity=64.2; qcov=0.94; evalue=1.84e-41; confidence=medium
GOGO:0005786 (signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting); GO:0006614 (SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane); GO:0008312 (7S RNA binding); GO:0030942 (endoplasmic reticulum signal sequence receptor activity)
KEGGsmil03060 (Protein export - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02290 (SRP14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991452

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057771674.1
2 Nucleolus 核仁 0.60000 XP_057771674.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057771674.1
4 Nucleolar fibrillar center Nucleolar fibrillar center 0.40000 XP_057771674.1
5 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057771674.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:1628333 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 7 B107,B119,B130,B54,C25,C30,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771674.1
116 aa
N
1
58
116
SRP14
C
PF02290 SRP14 4-93 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771674.1 Pfam PF02290 SRP14 Domain 4 93 4.1e-26 92.1 Signal recognition particle 14kD protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915691.1
TTAATGACCTAAAATCGCAGCACATTCTTCCCTTCCTAATTTCTCTCACTTTCAATTTCTCTCTCTCTCTCATCTAAGACTCTCTTCTTCCTCTTTCCACACATCGAGCCCAAGCTCTCCTCTCAATTCCAGAGTTTGCGGATACAGAAGCAGATTCGAGAAATGGTACGGTTACAGCCTGATCCCTTCCTCAATGAACTCACCAATATGTTTGAGCGGACTACGGAAAAGGGCTCTGTGTGGGTTACTTTGAAGCACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991452
ATGGTACGGTTACAGCCTGATCCCTTCCTCAATGAACTCACCAATATGTTTGAGCGGACTACGGAAAAGGGCTCTGTGTGGGTTACTTTGAAGCACTCTTCTGACAAGTCCAAGGTTAAGAGGAATAAGATGAAGACGGCTGGGGAAAAGATTGAATATAAGTGCCTCATTCGAGCTACAGATGGAAAGAAAACTATTTCAACAATGGTCGGTCGAAAAGATCACCAACGATTCCAGTCGAGTTATGCAACTATCTTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771674.1
MVRLQPDPFLNELTNMFERTTEKGSVWVTLKHSSDKSKVKRNKMKTAGEKIEYKCLIRATDGKKTISTMVGRKDHQRFQSSYATILKARMTALKKRERKDKRKAADSDKKQAIKTL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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