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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000259

染色体: Chr07 坐标: 1669730-1672097 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000259
名称SmilChr07G000259
描述uncharacterized SmilChr07G000259
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向1669730 - 1672097 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991456
GeneID130991456
locus_tag-
NCBI NameLOC130991456
原始查询LOC130991456

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述C-8 sterol isomerase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837045]; symbol=AT1G05440; hit=AT1G05440; species=arabidopsis; confidence=medium
产物C-8 sterol isomerase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837045]; symbol=AT1G05440; hit=AT1G05440; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G05440 (AT1G05440)
C-8 sterol isomerase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837045]
identity=39.2; qcov=0.966; evalue=5.62e-77; confidence=medium
RiceOs03g0747100
-
identity=30.8; qcov=0.857; evalue=4.45e-33; confidence=low
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum)
KEGG-
PfamPF04622 (ERG2_Sigma1R)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991456

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057771677.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.60000 XP_057771677.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057771677.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057771677.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771677.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:1669987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:1670019 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B123,B131,B35,B68,C82
Chr7:1670036 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:1670076 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr7:1670112 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 8 B3,B4,B54,C12,C15,C21,C42,C47
Chr7:1670139 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B62
Chr7:1670189 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,C29,C3,C56,D7
Chr7:1670232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B139,B59
Chr7:1670244 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr7:1670254 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 2 B59,C2
Chr7:1670254 TTC T 2bp_deletion CDS_variant 2 B59,C2
Chr7:1670288 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 2 C31,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771677.1
356 aa
N
1
178
356
ERG2_Sigma1R
C
PF04622 ERG2_Sigma1R 174-301 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771677.1 Pfam PF04622 ERG2_Sigma1R Family 174 301 6.6e-05 23.1 ERG2 and Sigma1 receptor like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915694.1
AGTTCAATGCCCATCCAACCCGACCGTTGTGTTCAAATTTCAAAAAATGCGACTTCGATAAATTCTCAAGAAAATTCCCAATCAAGATCCTAAATTTACAAACTCAAAATCCTTAAACCACAAAAATGATTGTTCGAGCAACCAAAGATCTCGAAGAAACCATGAAAACAGTGATCTTCACTCCAAATTCCTCGCCAAAATCCACCACCACAGCAATCGGAAACAATCCCTCAGAAACAAGAGAAAATTCCTATTTTCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991456
ATGATTGTTCGAGCAACCAAAGATCTCGAAGAAACCATGAAAACAGTGATCTTCACTCCAAATTCCTCGCCAAAATCCACCACCACAGCAATCGGAAACAATCCCTCAGAAACAAGAGAAAATTCCTATTTTCCGGGATGCAAAAAAGACGCGAATTGCAACTGCGAGATTTGCATTGCAAGCTTCAACGCCACTCTTGATTTGATGCCGCAGAGTGCTCAGAGGAGTTCGCTCACGCAGCTCTCCGTTGCAAGGCCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771677.1
MIVRATKDLEETMKTVIFTPNSSPKSTTTAIGNNPSETRENSYFPGCKKDANCNCEICIASFNATLDLMPQSAQRSSLTQLSVARPKIRRSPVPFASSADVSTEIPPASANSGEKVGRRKGEFKCEGFIVRLLFFLIVVYGVECGFSWMISGVLKSQLWPELVENMAGNSGVHEDLNGRFMFLKNELQGFVGIRVSSCNSANSVWKISQDGLLLNSRCVLYESMAEEVSIWGWPLQTAGLLTAEYSSRSFSIITGRVTEW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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