Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000266`

染色体: Chr07 坐标: 1720422-1724001 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000266`
名称	SmilChr07G000266
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	1720422 - 1724001 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991465`
GeneID	`130991465`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991465`
原始查询	`LOC130991465`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
产物	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
Arabidopsis	`AT3G46530` (RPP13) NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823806] identity=37.6; qcov=0.614; evalue=3.8e-38; confidence=medium
Rice	`Os11g0633500` - identity=28.7; qcov=1.04; evalue=2.62e-41; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991465

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057771689.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057771689.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771689.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771689.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771689.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:1720630`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr7:1720648`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B83,C39,C4
`Chr7:1720669`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B123,B85
`Chr7:1720670`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C35,C84
`Chr7:1720800`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	A19,B83
`Chr7:1720800`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	A19,B83
`Chr7:1720801`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	30	A1,A16,A25,B101,B13,B130,B137,B19,B20,B31,B35,B44,B81,B88,C17,C18,C26,C3,C36,C41,C5,C56,C60,C62,C63,C69,C73,C84,D10,D8
`Chr7:1720814`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	30	A1,A16,A19,A25,B101,B13,B130,B137,B19,B20,B35,B44,B81,B83,B88,C17,C18,C3,C36,C41,C5,C56,C60,C62,C63,C69,C73,C84,D10,D8
`Chr7:1720835`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A1,B19,C5
`Chr7:1720880`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	84	A1,A13,A18,A21,A24,A4,A9,B1,B10,B105,B108,B11,B112,B118,B119,B122,B130,B132,B135,B139,B14,B16,B18,B19,B2,B22,B23,B29,B3,B31,B34,B36,B40,B41,B42,B50,B58,B61,B62,B63,B64,B68,B71,B73,B75,B8,B82,B84,B85,B86,B9,B93,B95,B96,B98,C13,C20,C26,C27,C28,C3,C33,C38,C39,C4,C41,C46,C5,C57,C63,C64,C69,C70,C71,C76,C77,C8,C80,C82,C83,D11,D2,D4,D5
`Chr7:1720883`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	84	A1,A13,A18,A21,A24,A4,A9,B1,B10,B105,B108,B11,B112,B118,B119,B122,B130,B132,B135,B139,B14,B16,B18,B19,B2,B22,B23,B29,B3,B31,B34,B36,B40,B41,B42,B50,B58,B61,B62,B63,B64,B68,B71,B73,B75,B8,B82,B84,B85,B86,B9,B95,B96,B98,C13,C16,C20,C26,C27,C28,C3,C33,C38,C39,C4,C41,C46,C5,C57,C63,C64,C69,C70,C71,C76,C77,C8,C80,C82,C83,D11,D2,D4,D5
`Chr7:1720887`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B126,C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771689.1

355 aa

178

355

NB-ARC

PF00931 NB-ARC 147-316 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771689.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	147	316	8.7e-43	146.6	NB-ARC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915706.1
CTCCCCAATTTTCCTACCGACAAAGATGGTCTTAATAATGGCAGCCATATTTACCGAACACCACTTCCCCTTCCTTTCCTTTTGTTTTGTTTTGTTTATTTTTCGAGTGAGAAGGGATCAGAAAAATGGCTTACAATCTTCAATCACTCATCACCATCCTCGAACGAACTCTGGATCCCCAACAAACACGCTGGATTCTTGGACCTGAGAAACCACAACTCCAATCCCTCCTCGAAAAAGCTTCTTACCTGCAGCAGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991465
ATGGCTTACAATCTTCAATCACTCATCACCATCCTCGAACGAACTCTGGATCCCCAACAAACACGCTGGATTCTTGGACCTGAGAAACCACAACTCCAATCCCTCCTCGAAAAAGCTTCTTACCTGCAGCAGCAGATTCTCCAAAAAACTCCACTACTCACCAAATTACCAAGCTTGGAGTTCCAAATCAGAGACGTAGCAAATGAAGCAGAAGATATCGTTGAATCTCACATGGTTGAACGAATGCTCTCGATGCCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771689.1
MAYNLQSLITILERTLDPQQTRWILGPEKPQLQSLLEKASYLQQQILQKTPLLTKLPSLEFQIRDVANEAEDIVESHMVERMLSMPEGVNFTPLTPDVLLVTQKLDYVIEQVKLVEVERNKKPTGSSWSGDGASFSSSKSVVVGVDEDLMQLKDRLIGMQSKLEILPIVGMGGIGKTTLARTLYQDPLIVEHFSHLAWTTVSQDYNMRSNLLSLLRCITGSDYEHKGDGELKDNLYRSLYGRRYMIVLDDIWSITFWDEI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器