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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000294

染色体: Chr07 坐标: 1910203-1911193 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000294
名称SmilChr07G000294
描述uncharacterized SmilChr07G000294
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向1910203 - 1911193 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991486
GeneID130991486
locus_tag-
NCBI NameLOC130991486
原始查询LOC130991486

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991486

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771726.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057771726.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771726.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771726.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771726.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:1910260 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 41 A11,A20,A5,B11,B118,B124,B13,B136,B14,B21,B24,B35,B36,B39,B4,B41,B45,B53,B61,B64,B66,B80,B83,B88,B93,C10,C12,C15,C21,C22,C24,C32,C33,C39,C46,C49,C55,C59,C67,C69,D10
Chr7:1910270 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B53,C55
Chr7:1910270 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C55
Chr7:1910271 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,C83
Chr7:1910275 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 16 A21,A7,B113,B63,B64,B93,C20,C23,C25,C43,C51,C57,C59,C71,C74,C76
Chr7:1910500 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B25,B48,C42,C71,D8
Chr7:1910618 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 13 A24,A3,B110,B134,B38,B39,B56,B63,B94,B96,C40,C45,C47
Chr7:1910622 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 14 A24,A3,B110,B134,B38,B39,B56,B63,B89,B94,B96,C40,C45,C47
Chr7:1910644 T TCC 2bp_insertion frameshift_variant 17 A24,A3,B110,B134,B38,B39,B56,B63,B89,B94,B96,C12,C24,C40,C45,C47,C52
Chr7:1910674 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 32 A13,A14,A18,B10,B105,B11,B118,B126,B131,B139,B29,B46,B55,B60,B71,B78,C11,C19,C26,C35,C39,C43,C56,C64,C66,C69,C72,C73,C87,C9,D6,D7
Chr7:1910678 T TTC 2bp_insertion frameshift_variant 35 A13,A14,A18,B10,B105,B11,B111,B118,B126,B131,B139,B29,B45,B46,B55,B60,B71,B78,C11,C19,C26,C35,C39,C43,C53,C56,C64,C66,C69,C72,C73,C87,C9,D6,D7
Chr7:1910681 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 14 A3,B115,B134,B38,B39,B56,B63,B94,B96,C12,C24,C40,C45,C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915743.1
AGAGGAGAGTCTGCGGCTGTGTATGTATAGGGTAGCTGTTCCTGATTTTGCATTCTCACCCAAAGCGCGACGAGCTCTAATCAATACCCTCGTTGAAGTAATGAATCCATCGTTGTCATCAGTGGAAGAGGAAGAGGAATGGGCACCAAAGTGGAAATCGCTGCATGAAAGCCCTCAATTCGTATATGGAATGCTTGATGGTTTTTTGGAAACATGGGAGGAAGAAGATTTTGAGCATATTGCTGATTCCAAACACAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991486
ATGTATAGGGTAGCTGTTCCTGATTTTGCATTCTCACCCAAAGCGCGACGAGCTCTAATCAATACCCTCGTTGAAGTAATGAATCCATCGTTGTCATCAGTGGAAGAGGAAGAGGAATGGGCACCAAAGTGGAAATCGCTGCATGAAAGCCCTCAATTCGTATATGGAATGCTTGATGGTTTTTTGGAAACATGGGAGGAAGAAGATTTTGAGCATATTGCTGATTCCAAACACAAGAACTGCGACGACAACTGCCACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771726.1
MYRVAVPDFAFSPKARRALINTLVEVMNPSLSSVEEEEEWAPKWKSLHESPQFVYGMLDGFLETWEEEDFEHIADSKHKNCDDNCHQRLSAFLKQVRESRGYDVDDPPWCVMSPFFPMHMDEIKIYDIGYEELIAKVEFVVAQINGEAKQHGKLYELDEIEKVVEAWAHRCTLLTLRVKQVRLSRRKRMKQLESINANADVVKTVQATVFAECYNERFKEFELVEWRFKPLNTSSA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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