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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000298

染色体: Chr07 坐标: 1964531-1966297 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000298
名称SmilChr07G000298
描述uncharacterized SmilChr07G000298
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向1964531 - 1966297 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991489
GeneID130991489
locus_tag-
NCBI NameLOC130991489
原始查询LOC130991489

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0806700; species=rice; confidence=high
产物hit=Os03g0806700; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT5G28150 (AT5G28150)
-
identity=56.9; qcov=1; evalue=8.62e-119; confidence=high
RiceOs03g0806700
-
identity=58.2; qcov=0.997; evalue=4.59e-122; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF05910 (DUF868)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991489

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771729.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057771729.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771729.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771729.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771729.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:1965166 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45
Chr7:1965650 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771729.1
305 aa
N
1
152
305
DUF868
C
PF05910 DUF868 29-303 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771729.1 Pfam PF05910 DUF868 Family 29 303 2.7e-106 355.9 Plant protein of unknown function (DUF868)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915746.1
CCTGTTTTGAATTTCTCAAATATTTATAATTTCTCAGCCTCATTTAAAAAAATTTCTCCAATTTTTAAATATTCCATTGCAGACAGTTCCAGCACTTTAGCATGTGACTATTATTTTTCTCTGCAAATTCAAGCAAAGTCGATAGCGATAATTCAAATATTCGAGTATGGTGGTCTTCTCTTTAGCAAGAAAACAAGAAAAAATCTTTAAACCGTGATTCTAGTTCTCTGCTTTCTTACAGCCCCGAAAAATTTGCCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991489
ATGAGGGATTTTCCTTCTTGTTTTGGGGAGAATGGAGTTCAGGTTGCTGATGCTTCTTGTTCTAGTGTGAGTGGGACTAAACCCTCTCAAAATTCTGTGGCGTGTGTGTATAGATGTAAATTCTTTGGGAAATCTTGCTTGATTAGTATTGTTTGGAGCAAGAATTTGATGGGACAATGCCTAAGTGTTGAGATAGATGATGCATCTCATCAATTCTTATGCAAAGTAGATGTGAAGCCCTCTTTGTTCTCAAAGAGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771729.1
MRDFPSCFGENGVQVADASCSSVSGTKPSQNSVACVYRCKFFGKSCLISIVWSKNLMGQCLSVEIDDASHQFLCKVDVKPSLFSKRKGSKNLEVNSSKIEIFWDLSMAKFGSGPEPLQGYYIAVVLKGDMVLLVGDMRREAFKKTGAVASLSSAMLISKKEHISGKRVYGTKAQFCDNGQIHDLRIECDASCSDDPSLLVRVDAKTVMQVKHLQWKFRGNHTIFVDGLPVEVFWDVHNWLFGPSLGNAVFMFQSSLSAEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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