当前解析结果
SmilChr01G003271| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003271 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003271 |
| 描述 | transmembrane 9 superfamily member 7-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 51423223 - 51427377 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991491 |
|---|---|
| GeneID | 130991491 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991491 |
| 原始查询 | LOC130991491 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transmembrane 9 superfamily member 7-like |
| 产物 | transmembrane 9 superfamily member 7-like |
| Arabidopsis | AT3G13772 (TMN7)transmembrane nine 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820587] identity=84.9; qcov=0.964; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os08g0554900- identity=75.4; qcov=0.966; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0072657 (protein localization to membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02990 (EMP70) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991491 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.60000 | XP_057771732.1 |
| 2 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.60000 | XP_057771732.1 |
| 3 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.40000 | XP_057771732.1 |
| 4 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057771732.1 |
| 5 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057771732.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:51424604 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B40,C35,C5,C62,C82 |
Chr1:51425195 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B73,C60,D4 |
Chr1:51425899 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B37,B56,B76,B96,D7 |
Chr1:51426107 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A14,B28,B59,C38,C75 |
Chr1:51426199 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B129,D11 |
Chr1:51426460 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:51426661 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B42,B43,C70,C85,C87 |
Chr1:51426853 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B34 |
Chr1:51426871 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B73 |
Chr1:51426901 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B123,B18,B32,B87,C74 |
Chr1:51426903 |
TGG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 11 | A3,B104,B54,B58,B63,B65,B84,B91,C29,C5,C71 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771732.1PF02990
EMP70 57-595 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771732.1 |
Pfam | PF02990 |
EMP70 | Family | 57 | 595 | 3.7e-226 | 752.5 | Endomembrane protein 70 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。