Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000306`

染色体: Chr07 坐标: 2013823-2016134 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000306`
名称	SmilChr07G000306
描述	uncharacterized SmilChr07G000306
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	2013823 - 2016134 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991500`
GeneID	`130991500`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991500`
原始查询	`LOC130991500`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817774]; symbol=AT2G32150; hit=AT2G32150; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817774]; symbol=AT2G32150; hit=AT2G32150; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G32150` (AT2G32150) Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817774] identity=60; qcov=0.989; evalue=1.77e-115; confidence=high
Rice	`Os03g0701200` - identity=52.1; qcov=1.01; evalue=2.56e-93; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00702 (Hydrolase); PF13242 (Hydrolase_like); PF13419 (HAD_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991500

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057771737.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057771737.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057771737.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771737.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771737.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:2014354`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B13,C26,C39
`Chr7:2014659`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr7:2014873`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,A4,C3,C37,C43
`Chr7:2014930`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C22,C42
`Chr7:2014962`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C22
`Chr7:2014962`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C22
`Chr7:2014964`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B24,B36,B82
`Chr7:2014978`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B24,B36,B82
`Chr7:2014990`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,B102
`Chr7:2015002`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B3,B36,B89,C5,C81
`Chr7:2015006`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B13,C26,C39
`Chr7:2015162`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B36,C5,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771737.1

263 aa

132

263

Hydrolase

HAD_2

Hydrolase_like

PF00702 Hydrolase 11-199 aa PF13419 HAD_2 14-205 aa PF13242 Hydrolase_like 162-214 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771737.1`	Pfam	`PF00702`	Hydrolase	Domain	11	199	2e-17	64.9	haloacid dehalogenase-like hydrolase
`XP_057771737.1`	Pfam	`PF13419`	HAD_2	Family	14	205	5.3e-12	46.8	Haloacid dehalogenase-like hydrolase
`XP_057771737.1`	Pfam	`PF13242`	Hydrolase_like	Domain	162	214	1.1e-05	26.0	HAD-hyrolase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915754.1
TCCCTCACATTTCTCAGAGTCCTCTGCCTGCTTTGCTTTCCCCAATTCCTCCACACAATCGAAATCGAAATTCCTCTCCTCCTAAACCCTAATTTCCCCATTTCCGATATGGATTCTTGCCCCATTTCTTCCCCTTTTCAGACTCTCATTTTCGATTTGGATGACACCTTGTATTCTTCCAAGACAGGAATTGGCAAAGCTCTTAAACGAAACGTTGAAGATTTTCTCGCCGAGAAATTCGGAATTTCTGAATCAGAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991500
ATGGATTCTTGCCCCATTTCTTCCCCTTTTCAGACTCTCATTTTCGATTTGGATGACACCTTGTATTCTTCCAAGACAGGAATTGGCAAAGCTCTTAAACGAAACGTTGAAGATTTTCTCGCCGAGAAATTCGGAATTTCTGAATCAGAAGCTCAGAATATGAACAGAGAGCTCTTCAGAACTTATGGAAGCTCCTTAGCTGGCCTTCGGGATTTGGGGTATGACATTCATCCCGACGATTATCACAGTTTCGTGCACGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771737.1
MDSCPISSPFQTLIFDLDDTLYSSKTGIGKALKRNVEDFLAEKFGISESEAQNMNRELFRTYGSSLAGLRDLGYDIHPDDYHSFVHGRLPYDLITPDAKLRNILQSIRQRKIIFTNSDRIHAMKALDRLGISDCFEKIICFETMNPGLWKQARLDEYPVVLKPSMEAMRIAVDAADVDPRRTLFFDDNVKNIAAGKAVGLRTVLVGRATKSQEADYAIEMVTNMVQVIPEIWMGEGEGGGEDDNKRIRNEMDSVLAATIV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器