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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000310

染色体: Chr07 坐标: 2048623-2052816 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000310
名称SmilChr07G000310
描述vacuole membrane protein KMS1-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2048623 - 2052816 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991506
GeneID130991506
locus_tag-
NCBI NameLOC130991506
原始查询LOC130991506

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述vacuole membrane protein KMS1-like
产物vacuole membrane protein KMS1-like
ArabidopsisAT4G14950 (KMS1)
SNARE associated Golgi protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827153]
identity=68.9; qcov=0.941; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0778700
-
identity=61.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF27639 (VMP1_C); PF28607 (KMS1_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991506

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057771746.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057771746.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057771746.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771746.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771746.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2050557 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B13,C26,C27,C39
Chr7:2050990 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:2051020 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,D10
Chr7:2051394 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C8,D7
Chr7:2051416 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,C20,C25
Chr7:2051454 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B81,B82
Chr7:2051803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,C64,C66,C74
Chr7:2052121 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C8
Chr7:2052327 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B124,C45
Chr7:2052390 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B19,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771746.1
427 aa
N
1
214
427
KMS1_N
VMP1_C
C
PF28607 KMS1_N 7-115 aa PF27639 VMP1_C 381-415 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771746.1 Pfam PF28607 KMS1_N Domain 7 115 4.7e-51 172.1 KMS1 N-terminal domain
XP_057771746.1 Pfam PF27639 VMP1_C Domain 381 415 4.4e-20 71.7 Vacuole membrane protein 1 C-terminal helical domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915763.1
TTCGCCAATAGCAATTTGATCCCCATAAAATAATACTAGCATTTTAATATTTCCACGTTTTTTTGATGTCACAAAATATAGGTTAAAACGATTCCCAACTATAACATCGTCACTGCGTGCAGTGCGTGAGGGAAAAGAGAAGAGAGAGAAAGCTCGAGCAGGGAGATTTTTCTCACGCCCACCTGAATTTGGTTGTTGTTTTACCTCGCAAACATTCGCTTCACACAACGCCCAGATCTCTCTCTCTCTCTCTCAATAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991506
ATGGGCTCCAACGAGATATTAAATTCCGACAGTAATTCTGGTGATAGAGCGATGTCGATCTCAGGACTTCGTGAAAAGCACCAACAAGATTTAGAAAATTTGACTCTGACCTCACAGCCCTTCAAGACATTAAAGCTCTTTATTCTAGCTGTTAGACAGTATATAAGAAAATCCGTAGCATATATGTTATCACATGGCGGTTGGTTAATCCTGTTGAGTGCTATTGTCGCTGCCATCGGCATACTACTCGTGATTGTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771746.1
MGSNEILNSDSNSGDRAMSISGLREKHQQDLENLTLTSQPFKTLKLFILAVRQYIRKSVAYMLSHGGWLILLSAIVAAIGILLVIVEGPHGKHVEEIQHYMEFVLWWVALGVASSIGLGSGLHTFVLYLGPHIAFFTIKAIKCGRVDIKSASYDTIQLKRGPSWLGKNCDDFGPPLFPSSDGVRIPLSSILPHVQLEAILWGLGTALGELPPYFISRAARLSGDTVDAMEELDASSAEDEGFLSTRLNQIKRWFLSQAQY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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