当前解析结果
SmilChr07G000310| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000310 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000310 |
| 描述 | vacuole membrane protein KMS1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 2048623 - 2052816 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991506 |
|---|---|
| GeneID | 130991506 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991506 |
| 原始查询 | LOC130991506 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | vacuole membrane protein KMS1-like |
| 产物 | vacuole membrane protein KMS1-like |
| Arabidopsis | AT4G14950 (KMS1)SNARE associated Golgi protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827153] identity=68.9; qcov=0.941; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0778700- identity=61.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF27639 (VMP1_C); PF28607 (KMS1_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991506 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057771746.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057771746.1 |
| 3 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.40000 | XP_057771746.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057771746.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771746.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:2050557 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B1,B13,C26,C27,C39 |
Chr7:2050990 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:2051020 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B32,D10 |
Chr7:2051394 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C8,D7 |
Chr7:2051416 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B47,C20,C25 |
Chr7:2051454 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B81,B82 |
Chr7:2051803 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A16,C64,C66,C74 |
Chr7:2052121 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B135,C8 |
Chr7:2052327 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B12,B124,C45 |
Chr7:2052390 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B19,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771746.1PF28607
KMS1_N 7-115 aa
PF27639
VMP1_C 381-415 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771746.1 |
Pfam | PF28607 |
KMS1_N | Domain | 7 | 115 | 4.7e-51 | 172.1 | KMS1 N-terminal domain |
XP_057771746.1 |
Pfam | PF27639 |
VMP1_C | Domain | 381 | 415 | 4.4e-20 | 71.7 | Vacuole membrane protein 1 C-terminal helical domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。