当前解析结果
SmilChr07G000312| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000312 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000312 |
| 描述 | sugar transport protein 13 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 2091733 - 2097108 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991507 |
|---|---|
| GeneID | 130991507 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991507 |
| 原始查询 | LOC130991507 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | sugar transport protein 13 |
| 产物 | sugar transport protein 13 |
| Arabidopsis | AT5G26340 (MSS1)Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832703] identity=82.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0218400 (OsMST4)- identity=82.6; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0015145 (monosaccharide transmembrane transporter activity); GO:0015749 (monosaccharide transmembrane transport); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991507 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057771747.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057771747.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771747.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771747.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057771747.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:2091949 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr7:2092902 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 11 | A23,B110,B132,B51,B59,C32,C39,C56,C61,C68,C77 |
Chr7:2095870 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C42,C79 |
Chr7:2095892 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B114,C13,D5 |
Chr7:2095908 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B112 |
Chr7:2095930 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B125,B60 |
Chr7:2095965 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:2096019 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B94,C33 |
Chr7:2096107 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C59 |
Chr7:2096371 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B93,B94,C33 |
Chr7:2096390 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B118 |
Chr7:2096411 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A4,B102,B105,B108,B57 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771747.1PF00083
Sugar_tr 27-485 aa
PF07690
MFS_1 81-431 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771747.1 |
Pfam | PF00083 |
Sugar_tr | Family | 27 | 485 | 1.2e-121 | 407.5 | Sugar (and other) transporter |
XP_057771747.1 |
Pfam | PF07690 |
MFS_1 | Family | 81 | 431 | 8e-24 | 84.9 | Major Facilitator Superfamily |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。