Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000318

染色体: Chr07 坐标: 2137406-2138448 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000318
名称SmilChr07G000318
描述probable membrane-associated kinase regulator 1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2137406 - 2138448 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991513
GeneID130991513
locus_tag-
NCBI NameLOC130991513
原始查询LOC130991513

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable membrane-associated kinase regulator 1
产物probable membrane-associated kinase regulator 1
ArabidopsisAT5G26230 (MAKR1)
membrane-associated kinase regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832692]
identity=42.1; qcov=1.16; evalue=2.99e-42; confidence=medium
RiceOs05g0390600
-
identity=60.9; qcov=0.169; evalue=3.78e-10; confidence=weak
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0019210 (kinase inhibitor activity)
KEGG-
PfamPF30743 (BKI1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991513

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057771755.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057771755.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771755.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771755.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771755.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2137800 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 2 B104,D10
Chr7:2137800 G GC 1bp_insertion CDS_variant 2 B104,D10
Chr7:2137848 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 42 A13,A23,A4,B106,B110,B111,B128,B130,B140,B17,B18,B25,B37,B40,B48,B49,B51,B54,B68,B7,B77,B79,B83,B99,C14,C16,C18,C19,C27,C29,C3,C40,C47,C54,C57,C58,C7,C70,C78,C84,D4,D8
Chr7:2137867 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B29
Chr7:2137867 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 B29
Chr7:2137869 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr7:2138178 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr7:2138224 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr7:2138288 GAC G 2bp_deletion frameshift_variant 18 A16,A4,B101,B128,B55,B87,C10,C14,C17,C20,C47,C52,C55,C66,C73,C74,C80,C87
Chr7:2138299 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,B72,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771755.1
272 aa
N
1
136
272
BKI1
C
PF30743 BKI1 15-262 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771755.1 Pfam PF30743 BKI1 Family 15 262 6.9e-12 46.2 BRI1 kinase inhibitor 1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915772.1
ATTAAACGATGAGACCCTAATACTACATCCCTCACAACTATTCAAATTATGAGATAAATATATAAGTAGGCAAGCAAGCCCAACACCACCACCAACATGGGGCGGCGCCACCGTAGCAAGTCACACACCCTCCCCTCCTCCCCCACGTCGTCGTCGTCGTCGTCCTCCTCCGACTTCGAGTTCACCATCTCCCTCTCCCCCCACAAATCCTCCCGCCCCGCCGACGAGCTCTTCTACAAGGGCCAGATCCTCCCCCTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991513
ATGGGGCGGCGCCACCGTAGCAAGTCACACACCCTCCCCTCCTCCCCCACGTCGTCGTCGTCGTCGTCCTCCTCCGACTTCGAGTTCACCATCTCCCTCTCCCCCCACAAATCCTCCCGCCCCGCCGACGAGCTCTTCTACAAGGGCCAGATCCTCCCCCTCCACCTCTCCCCCCGCCTCTCCATGGTCCAATCCCTCCTCTTCTCCCCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCGCCACCGCCTCCCGCGACTCCACCGCCTCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771755.1
MGRRHRSKSHTLPSSPTSSSSSSSSDFEFTISLSPHKSSRPADELFYKGQILPLHLSPRLSMVQSLLFSPSSSSSSATASRDSTASSDLLLDSDSSRPSSAADDDLIKRPPADLLSRKPSKYFSLAKFSSKAAAVKRASSTARGVLRKYFNKVKPLYEKLSHKQQQQQQTMPPPPSPPLPPPPPRSSEISQSFSGNLRYPRRRSSISSCPSSMTSSPRRGESGSGLGRGGSGSYNVGGSSMAELQSAIQGAIAHCKNSMM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器