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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000328

染色体: Chr07 坐标: 2231914-2233897 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000328
名称SmilChr07G000328
描述uncharacterized GPI-anchored protein At5g19250-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2231914 - 2233897 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991525
GeneID130991525
locus_tag-
NCBI NameLOC130991525
原始查询LOC130991525

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Glycoprotein membrane GPI-anchored [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832045]; symbol=AT5G19250; hit=AT5G19250; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Glycoprotein membrane GPI-anchored [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832045]; symbol=AT5G19250; hit=AT5G19250; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G19250 (AT5G19250)
Glycoprotein membrane GPI-anchored [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832045]
identity=44.7; qcov=0.815; evalue=2.31e-33; confidence=medium
RiceOs07g0645000 (OJ1458_B07.124)
-
identity=37.1; qcov=0.864; evalue=8.84e-30; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF25884 (At5g19230)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991525

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057771774.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771774.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771774.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771774.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771774.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2232293 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54
Chr7:2232313 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C78,C85
Chr7:2232397 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771774.1
184 aa
N
1
92
184
At5g19230
C
PF25884 At5g19230 26-151 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771774.1 Pfam PF25884 At5g19230 Domain 26 151 2e-36 125.3 Uncharacterized GPI-anchored protein At5g19230-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915791.1
AGCCGACCAAGTCAACAAAATTCTACTATATGTATTACACAAATCTAGAGATAATATTCCAATCAAATTAATTAAATAATCCGAGCTTACTACTAAAAGATAATTATGGCATCTATTATTCCATCTTTGCTGTTTCTCTCTCTACTCTCTCACTCCCTTCTACTCGGCAAATGCAATGAGGATGATGATCTTCTCAAAGGGATCCAACAATACAGGGCCAACTTGAACCTCACAGCTCTGGCCACCACCACCGTCGCCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991525
ATGGCATCTATTATTCCATCTTTGCTGTTTCTCTCTCTACTCTCTCACTCCCTTCTACTCGGCAAATGCAATGAGGATGATGATCTTCTCAAAGGGATCCAACAATACAGGGCCAACTTGAACCTCACAGCTCTGGCCACCACCACCGTCGCCGAATGCATCGCCGATGAAATCGCAGATACTTATCAGAACCAAAGCTGCACCAACGCAACGACTTTCAACGCGACGGCTTTCAACGCTACGACCTTTCCCAGCTATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771774.1
MASIIPSLLFLSLLSHSLLLGKCNEDDDLLKGIQQYRANLNLTALATTTVAECIADEIADTYQNQSCTNATTFNATAFNATTFPSYAAIMSKCVLNATNASGSSQILPTCIPNQQNLVVSDFTSKYATYLNSTGYSSIGVGSEDDWLVVLLTNITGISPNGASGLTLAAIGPVVLPLLCLFMLV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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