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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000334

染色体: Chr07 坐标: 2260728-2261655 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000334
名称SmilChr07G000334
描述uncharacterized SmilChr07G000334
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2260728 - 2261655 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991531
GeneID130991531
locus_tag-
NCBI NameLOC130991531
原始查询LOC130991531

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819780]; symbol=AT3G06070; hit=AT3G06070; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819780]; symbol=AT3G06070; hit=AT3G06070; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G06070 (AT3G06070)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819780]
identity=46.3; qcov=0.824; evalue=1.97e-18; confidence=low
RiceOs05g0397300
-
identity=33.9; qcov=0.947; evalue=2.01e-08; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991531

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771782.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057771782.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057771782.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057771782.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771782.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2261037 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr7:2261195 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B137,C55
Chr7:2261362 AGT A 2bp_deletion frameshift_variant 16 A1,A21,B101,B12,B133,B136,B138,B140,B2,B21,B51,B55,B57,C12,C50,C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915799.1
ACTTGGATCCCATCATCCCTTTGCCTTTTTCCAATTCCTCTCCCTATTTAAAATCATTTCAGCATCTGATTCAACTGGGAGAAAAGGAAACCCAAAAAAAAAAAAAAAACCCAGATTTAGAGAAAAAATTAAGTGTTGAAAAAAACACACACAACACACACTAAAGAGAAATATGGAAGCTGCTCTTGAGTTGGATGATGATGTCTTCTTCAAAGACTTGAGCAAGCAAATCTCTCTCCTCATCATGGATGATGATGATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991531
ATGGAAGCTGCTCTTGAGTTGGATGATGATGTCTTCTTCAAAGACTTGAGCAAGCAAATCTCTCTCCTCATCATGGATGATGATGATGATCAACAATACTCACTATCTCACTCTCCACCACTCATCAATCTTCAGGCTTTCACTCAAGCGAGCAATCCAGCAACACAAGCTGCATCGTTTTTCAGCTATGATCAACACCAGAGCAGCAAGAGGGAGAGCAAAGGCACCGGCGTTTTCATCCCTCGTTCGACGTCGAATCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771782.1
MEAALELDDDVFFKDLSKQISLLIMDDDDDQQYSLSHSPPLINLQAFTQASNPATQAASFFSYDQHQSSKRESKGTGVFIPRSTSNPRRKSGLRQARFMASGNKMQNHASRGPHDAFINPSYDHSFNFRRF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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