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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000338

染色体: Chr07 坐标: 2284445-2288302 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000338
名称SmilChr07G000338
描述nuclear transcription factor Y subunit C-9-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2284445 - 2288302 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991536
GeneID130991536
locus_tag-
NCBI NameLOC130991536
原始查询LOC130991536

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nuclear transcription factor Y subunit C-9-like
产物nuclear transcription factor Y subunit C-9-like
ArabidopsisAT1G08970 (NF-YC9)
nuclear factor Y, subunit C9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837417]
identity=64.6; qcov=0.96; evalue=5.14e-88; confidence=high
RiceOs02g0170500 (OsHAP5A)
-
identity=66.7; qcov=0.759; evalue=2.9e-74; confidence=high
GOGO:0001228 (DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific); GO:0003677 (DNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0046982 (protein heterodimerization activity)
KEGG-
PfamPF00125 (Histone); PF00808 (CBFD_NFYB_HMF)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991536

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771789.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057771789.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771789.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771789.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771789.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2285538 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,C15
Chr7:2285556 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,C31,C52
Chr7:2285586 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B29,C1
Chr7:2285627 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,C33,C46
Chr7:2285667 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B4,B56,B96,C15,C80
Chr7:2285709 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:2285817 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B131,B14,B29,C1
Chr7:2285823 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B131,B14,B29,C1
Chr7:2285853 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,C31,C52
Chr7:2285910 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:2286149 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:2286150 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771789.1
253 aa
N
1
126
253
Histone
CBFD_NFYB_HMF
C
PF00125 Histone 90-161 aa PF00808 CBFD_NFYB_HMF 98-161 aa
XP_057771790.1
253 aa
N
1
126
253
Histone
CBFD_NFYB_HMF
C
PF00125 Histone 90-161 aa PF00808 CBFD_NFYB_HMF 98-161 aa
XP_057771791.1
253 aa
N
1
126
253
Histone
CBFD_NFYB_HMF
C
PF00125 Histone 90-161 aa PF00808 CBFD_NFYB_HMF 98-161 aa
XP_057771792.1
253 aa
N
1
126
253
Histone
CBFD_NFYB_HMF
C
PF00125 Histone 90-161 aa PF00808 CBFD_NFYB_HMF 98-161 aa
XP_057771793.1
253 aa
N
1
126
253
Histone
CBFD_NFYB_HMF
C
PF00125 Histone 90-161 aa PF00808 CBFD_NFYB_HMF 98-161 aa
XP_057771794.1
253 aa
N
1
126
253
Histone
CBFD_NFYB_HMF
C
PF00125 Histone 90-161 aa PF00808 CBFD_NFYB_HMF 98-161 aa
XP_057771795.1
253 aa
N
1
126
253
Histone
CBFD_NFYB_HMF
C
PF00125 Histone 90-161 aa PF00808 CBFD_NFYB_HMF 98-161 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771789.1 Pfam PF00125 Histone Domain 90 161 1.5e-18 67.7 Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain
XP_057771789.1 Pfam PF00808 CBFD_NFYB_HMF Domain 98 161 4.8e-18 65.9 Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone
XP_057771790.1 Pfam PF00125 Histone Domain 90 161 1.5e-18 67.7 Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain
XP_057771790.1 Pfam PF00808 CBFD_NFYB_HMF Domain 98 161 4.8e-18 65.9 Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone
XP_057771791.1 Pfam PF00125 Histone Domain 90 161 1.5e-18 67.7 Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain
XP_057771791.1 Pfam PF00808 CBFD_NFYB_HMF Domain 98 161 4.8e-18 65.9 Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone
XP_057771792.1 Pfam PF00125 Histone Domain 90 161 1.5e-18 67.7 Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain
XP_057771792.1 Pfam PF00808 CBFD_NFYB_HMF Domain 98 161 4.8e-18 65.9 Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone
XP_057771793.1 Pfam PF00125 Histone Domain 90 161 1.5e-18 67.7 Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain
XP_057771793.1 Pfam PF00808 CBFD_NFYB_HMF Domain 98 161 4.8e-18 65.9 Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone
XP_057771794.1 Pfam PF00125 Histone Domain 90 161 1.5e-18 67.7 Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain
XP_057771794.1 Pfam PF00808 CBFD_NFYB_HMF Domain 98 161 4.8e-18 65.9 Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone
XP_057771795.1 Pfam PF00125 Histone Domain 90 161 1.5e-18 67.7 Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain
XP_057771795.1 Pfam PF00808 CBFD_NFYB_HMF Domain 98 161 4.8e-18 65.9 Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915807.1
GGTCAGTTTGGGTAGTACCGAATTATGGAGTTTGGCCAACCAAACTTCCAAGTTCCAGCACTCTCCGTTACACCTATACATATATATACATACAGCGTTTATGTACGTATATGTGTGTTTATATATATATGTATGTGTATGTGTGTGATTGCACACATGCCATCATACTTAATCAATGAATTTGATAGGTGACGAAATTGTATGGACTACATAATCTAATTTTCCCCCAAAAACCTAGTTTCGTTGCTTTCATCTTCTAC...
XM_057915809.1
AGTTTGGGTAGTACCGAATTATGGAGTTTGGCCAACCAAACTTCCAAGTTCCAGCACTCTCCGTTACACCTATACATATATATACATACAGCGTTTATGTACGTATATGTGTGTTTATATATATATGTATGTGTATGTGTGTGATTGCACACATGCCATCATACTTAATCAATGAATTTGATAGGTGACGAAATTGTATGGACTACATAATCTAATTTTCCCCCAAAAACCTAGTTTCGTTGCTTTCATCTTCTACTCAA...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC130991536
ATGGATCAGCAAGGAAATGGTCAGGCTCCAGGTATGGGAAGCTCAGCTCAGATGCCGTATAGTGTGAACCCGTATCAAGCTAACCAAATGACAGGAGGGTCTTCCCCTGCTGCTTCGTCTCAATCTCCCCGAGCTGCCGGTCTCTCTGCATCTCCGGCTCAGATGGCGCAACACCAACTCGCATATCAGCACATACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAATTGCAGCAACAACTCCAGAACTTCTGGGCCACCCAATACGAAGA...
LOC130991536
ATGGATCAGCAAGGAAATGGTCAGGCTCCAGGTATGGGAAGCTCAGCTCAGATGCCGTATAGTGTGAACCCGTATCAAGCTAACCAAATGACAGGAGGGTCTTCCCCTGCTGCTTCGTCTCAATCTCCCCGAGCTGCCGGTCTCTCTGCATCTCCGGCTCAGATGGCGCAACACCAACTCGCATATCAGCACATACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAATTGCAGCAACAACTCCAGAACTTCTGGGCCACCCAATACGAAGA...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057771789.1
MDQQGNGQAPGMGSSAQMPYSVNPYQANQMTGGSSPAASSQSPRAAGLSASPAQMAQHQLAYQHIQQQQQQQLQQQLQNFWATQYEEIDQATDFKNHSLPLARIKKIMKADEDVRMISAEAPVIFARACEMFILELTLRAWNHTEENKRRTLQKNDIAAAITRTDIFDFLVDIVPREDLKDEVLASMPRGALPVGAPTEGLPYYYMPQQSAPPVGAPGMYVGKPVDPGMYGQQSRPYMAQQMWPQQPPPPPDS
XP_057771790.1
MDQQGNGQAPGMGSSAQMPYSVNPYQANQMTGGSSPAASSQSPRAAGLSASPAQMAQHQLAYQHIQQQQQQQLQQQLQNFWATQYEEIDQATDFKNHSLPLARIKKIMKADEDVRMISAEAPVIFARACEMFILELTLRAWNHTEENKRRTLQKNDIAAAITRTDIFDFLVDIVPREDLKDEVLASMPRGALPVGAPTEGLPYYYMPQQSAPPVGAPGMYVGKPVDPGMYGQQSRPYMAQQMWPQQPPPPPDS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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