Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000342`

染色体: Chr07 坐标: 2315615-2317037 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000342`
名称	SmilChr07G000342
描述	chitinase CLP-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	2315615 - 2317037 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991542`
GeneID	`130991542`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991542`
原始查询	`LOC130991542`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	chitinase CLP-like
产物	chitinase CLP-like
Arabidopsis	`AT5G48430` (AT5G48430) Eukaryotic aspartyl protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834898] identity=34.6; qcov=0.948; evalue=4.91e-67; confidence=low
Rice	`Os01g0937200` - identity=36.5; qcov=0.93; evalue=1.01e-68; confidence=medium
GO	GO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG	-
Pfam	PF14541 (TAXi_C); PF14543 (TAXi_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991542

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.80000	`XP_057771802.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057771802.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771802.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771802.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771802.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:2315743`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B120,C6
`Chr7:2315784`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,B15,B48
`Chr7:2315879`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr7:2315889`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A15,A7
`Chr7:2315904`	`ACG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	A14
`Chr7:2315904`	`ACG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	A14
`Chr7:2315950`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B38,B39,B8,D4
`Chr7:2316008`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C54,C87
`Chr7:2316113`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr7:2316151`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C13,D2
`Chr7:2316154`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C54,C87
`Chr7:2316194`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771802.1

427 aa

214

427

TAXi_N

TAXi_C

PF14543 TAXi_N 97-245 aa PF14541 TAXi_C 264-410 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771802.1`	Pfam	`PF14543`	TAXi_N	Domain	97	245	3e-15	57.6	Xylanase inhibitor N-terminal
`XP_057771802.1`	Pfam	`PF14541`	TAXi_C	Domain	264	410	3.7e-42	144.6	Xylanase inhibitor C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915819.1
ATATTTGACATATGAGACCTCTATACTACATATATATATATAACATTTCCATTTCTTATCCACTTATCCATTTATACATCTCTCTCTATATACACCTACTTAAGCAAATAAAAAAAAAAAATTCTTCATTCCAAAACATCATCAACAATCAAATGATGTTAACCATCAAAATGATAAACCTTTTCCTTCTCTCCCTACTCTCAATCTCATCAGCTCAACCTCTCCCTAAATTACTCGCATCCCTCAACAAGGACCCCACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991542
ATGAGACCTCTATACTACATATATATATATAACATTTCCATTTCTTATCCACTTATCCATTTATACATCTCTCTCTATATACACCTACTTAAGCAAATAAAAAAAAAAAATTCTTCATTCCAAAACATCATCAACAATCAAATGATGTTAACCATCAAAATGATAAACCTTTTCCTTCTCTCCCTACTCTCAATCTCATCAGCTCAACCTCTCCCTAAATTACTCGCATCCCTCAACAAGGACCCCACCACCTCTCTCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771802.1
MRPLYYIYIYNISISYPLIHLYISLYIHLLKQIKKKNSSFQNIINNQMMLTIKMINLFLLSLLSISSAQPLPKLLASLNKDPTTSLYTMLLNSKDPYVVDIAAPFSWRRCPSVPRPAVFCFTAECTQAQYLPSPCPPPPTSIAIPCKCMVTPRNPRTGSCEPAQLTYTNLTVQGSHFIMSDIYLSCAPNPLFKSLPKGVVGLASLSLAPLSLQNQFSGRLPRLTRGFAMCLPSTSSRNGVISFGNETHHLLSYTPLLTNP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器