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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000343

染色体: Chr07 坐标: 2319208-2320942 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000343
名称SmilChr07G000343
描述probable aspartic proteinase GIP2
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2319208 - 2320942 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991543
GeneID130991543
locus_tag-
NCBI NameLOC130991543
原始查询LOC130991543

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable aspartic proteinase GIP2
产物probable aspartic proteinase GIP2
ArabidopsisAT1G03220 (AT1G03220)
Eukaryotic aspartyl protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838517]
identity=35.8; qcov=1.06; evalue=5.16e-78; confidence=medium
RiceOs05g0403000
-
identity=33.2; qcov=1.01; evalue=1.52e-64; confidence=low
GOGO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG-
PfamPF14541 (TAXi_C); PF14543 (TAXi_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991543

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057771803.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057771803.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057771803.1
4 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057771803.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771803.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2319689 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr7:2319730 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,A5,B130,B59
Chr7:2319793 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,C13,C53,D10,D2
Chr7:2319862 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B42,B43,C37
Chr7:2320001 GGA G 2bp_deletion frameshift_variant 169 A1,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A20,A21,A23,A25,A3,B1,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B121,B122,B123,B126,B128,B129,B133,B134,B135,B136,B137,B15,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B26,B27,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B55,B57,B59,B6,B61,B62,B64,B65,B67,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B77,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B9,B90,B91,B92,B97,C12,C14,C15,C17,C18,C19,C21,C22,C23,C24,C25,C27,C29,C3,C30,C31,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C42,C43,C44,C46,C47,C49,C50,C52,C55,C56,C57,C60,C63,C65,C67,C7,C71,C72,C73,C75,C76,C77,C78,C79,C81,C82,C84,C85,C86,C87,C9,D10,D11,D3,D4,D7,D8,D9
Chr7:2320007 G GAC 2bp_insertion frameshift_variant 169 A1,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A20,A21,A23,A25,A3,B1,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B121,B122,B123,B126,B128,B129,B133,B134,B135,B136,B137,B15,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B26,B27,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B55,B57,B59,B6,B61,B62,B64,B65,B67,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B77,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B9,B90,B91,B92,B97,C12,C14,C15,C17,C18,C19,C21,C22,C23,C24,C25,C27,C29,C3,C30,C31,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C42,C43,C44,C46,C47,C49,C50,C52,C55,C56,C57,C60,C63,C65,C67,C7,C71,C72,C73,C75,C76,C77,C78,C79,C81,C82,C84,C85,C86,C87,C9,D10,D11,D3,D4,D7,D8,D9
Chr7:2320159 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,B8
Chr7:2320160 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 163 A1,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A20,A21,A23,A25,A3,B1,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B121,B122,B123,B126,B128,B129,B133,B134,B135,B136,B137,B15,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B23,B26,B27,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B44,B45,B47,B48,B5,B50,B51,B52,B55,B57,B59,B6,B61,B62,B64,B65,B67,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B77,B8,B82,B83,B84,B85,B86,B9,B90,B91,B92,B97,C12,C14,C15,C17,C18,C19,C21,C22,C23,C24,C25,C29,C3,C30,C31,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C42,C43,C44,C46,C47,C49,C50,C52,C55,C56,C57,C58,C60,C63,C65,C67,C7,C71,C72,C73,C75,C76,C77,C78,C79,C81,C82,C84,C85,C86,C87,C9,D10,D3,D4,D7,D8,D9
Chr7:2320164 T TTC 2bp_insertion frameshift_variant 164 A1,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A20,A21,A23,A25,A3,B1,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B121,B122,B123,B126,B128,B129,B133,B134,B135,B136,B137,B15,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B23,B26,B27,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B44,B45,B47,B48,B5,B50,B51,B52,B55,B57,B59,B6,B61,B62,B64,B65,B67,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B77,B8,B82,B83,B84,B85,B86,B9,B90,B91,B92,B97,C12,C14,C15,C17,C18,C19,C21,C22,C23,C24,C25,C27,C29,C3,C30,C31,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C42,C43,C44,C46,C47,C49,C50,C52,C55,C56,C57,C58,C60,C63,C65,C67,C7,C71,C72,C73,C75,C76,C77,C78,C79,C81,C82,C84,C85,C86,C87,C9,D10,D3,D4,D7,D8,D9
Chr7:2320286 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B26
Chr7:2320322 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:2320396 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 163 A1,A14,A15,A16,A18,A19,A20,A21,A23,A25,A3,B1,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B121,B122,B123,B126,B128,B129,B133,B135,B136,B137,B15,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B26,B27,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B36,B38,B39,B4,B40,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B55,B57,B59,B6,B61,B64,B65,B67,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B77,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B90,B91,B92,B97,C12,C13,C14,C15,C17,C18,C19,C21,C22,C23,C24,C25,C27,C29,C30,C31,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C42,C43,C44,C46,C47,C49,C50,C52,C55,C56,C57,C60,C63,C65,C67,C7,C71,C72,C73,C75,C76,C77,C78,C79,C81,C82,C84,C85,C86,C87,C9,D10,D11,D2,D3,D4,D7,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771803.1
407 aa
N
1
204
407
TAXi_N
TAXi_C
C
PF14543 TAXi_N 46-214 aa PF14541 TAXi_C 238-385 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771803.1 Pfam PF14543 TAXi_N Domain 46 214 4.9e-25 89.4 Xylanase inhibitor N-terminal
XP_057771803.1 Pfam PF14541 TAXi_C Domain 238 385 2.8e-42 145.0 Xylanase inhibitor C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915820.1
CATATCCATTAATCTGACCAGTTTTTTTTTTGTTTTTGTTAAAGCTATGTGAAAACCGTGATGGAAAACGTAGGAGTCTAGTCACCAAAATCCAAGCAAAATTCCAAAAATCCTCTAGTTCTTATCTACTATGCCAGAATTCTAAATAAAAAATATAATAAAATATAATAATATTACAAGAAAAAGACTATTAACTTTGTTCTTTAAATCTCTCGACTTGAACTGCGTCCCTTCGCCACAATCAACTGATTTTTCAGACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991543
ATGGCTCGCTCTCTTCTTTTCTTGCTATTGCTTCCTCTGATTCTCCTAATGTCGAAAGCCGAGGCGCTCTCCAACAGTCCCATCTTGCCCAAAGCTGCGATCTTTCCGGTTTCGAAGGATTCCTCAACTCTTCAATACGTCGCTCATGTTTCCATGGGTGAAAATCTTGATTCCCTCAATCTCGTGGTTGATCTCAATGGCCCTTTTGTGTGGATGGCATCTGGGCTCAAATCTGCCTCTGATTCTCAGCAGCCCATCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771803.1
MARSLLFLLLLPLILLMSKAEALSNSPILPKAAIFPVSKDSSTLQYVAHVSMGENLDSLNLVVDLNGPFVWMASGLKSASDSQQPIKSCSLKCSMAKSTRGGGAEYNSKTKSCTLLAENTISRISASGDLSEDVMAMEFWDGIGSSSFAKSEKFLLLSSPNLLLKGLAHEARGVLGLGDSRISLPSQFSTTFGFFERKFSLCLSPQKGALFLGGNPLESSMMFTPLISKKSGGDQEGYYIDVSSIKVSGKKLPLHQKGII...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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