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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000354

染色体: Chr07 坐标: 2418256-2423858 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000354
名称SmilChr07G000354
描述uncharacterized SmilChr07G000354
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2418256 - 2423858 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991553
GeneID130991553
locus_tag-
NCBI NameLOC130991553
原始查询LOC130991553

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述P0018C07.124; symbol=P0018C07.124; hit=Os07g0655900; species=rice; confidence=high
产物P0018C07.124; symbol=P0018C07.124; hit=Os07g0655900; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT5G19070 (AT5G19070)
SNARE associated Golgi protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832026]
identity=68.7; qcov=1; evalue=2.77e-127; confidence=high
RiceOs07g0655900 (P0018C07.124)
-
identity=73.6; qcov=0.986; evalue=1.35e-128; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF09335 (VTT_dom)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991553

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057771818.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057771818.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057771818.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771818.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771818.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2420278 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B36
Chr7:2420771 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B91,C78,C85
Chr7:2421675 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr7:2423392 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr7:2423403 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr7:2423422 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,B44,B61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771818.1
277 aa
N
1
138
277
VTT_dom
C
PF09335 VTT_dom 67-185 aa
XP_057771819.1
277 aa
N
1
138
277
VTT_dom
C
PF09335 VTT_dom 67-185 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771818.1 Pfam PF09335 VTT_dom Domain 67 185 2.5e-24 86.8 VTT domain
XP_057771819.1 Pfam PF09335 VTT_dom Domain 67 185 2.5e-24 86.8 VTT domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915836.1
ACAGAAAATAAAGAATTTGTTTGACGACAAAAACCATAAATTTGCCCAACTGCAAACAACCATTTTTTTCACATCACACCCACAAAGATCAAAGGATCATTCTGTGTAAAACTAAAACCTCTACAATCTTTCACACAAATGGGATAAATCCTCATCGTGTTCATCGTTTTTGAAAAGTTTGTTACTCGCTAAGTGGTCGAGAATCCTCTGATTTCTTCTCAATTTCATTCAATCCCCCCAATTCAATCAATCTGGCAAAT...
XM_057915835.1
CAGAAAATAAAGAATTTGTTTGACGACAAAAACCATAAATTTGCCCAACTGCAAACAACCATTTTTTTCACATCACACCCACAAAGATCAAAGGATCATTCTGTGTAAAACTAAAACCTCTACAATCTTTCACACAAATGGGATAAATCCTCATCGTGTTCATCGTTTTTGAAAAGTTTGTTACTCGCTAAGTGGTCGAGAATCCTCTGATTTCTTCTCAATTTCATTCAATCCCCCCAATTCAATCAATCTGGCAAATT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130991553
ATGGCGTTCAAATTCAGTTGGGTTTCGCTGTTGAAGATTTCGCTACTTCTCCTGCTGATTGGGGCTATTTTAGTTGCTTGCTTCACTCTCCCTGTCGATAAGATTCTAAAAGATTTCTTAGTATGGATAGAGCAAGATCTTGGTGCTTGGGGTCCCCTAGTGCTGGCTATTGCATACATTCCTTTAACGGTGTTGGCTGTTCCAGCTTCTATACTGACGCTTGGTGGTGGATATCTCTTTGGCTTGCCTATTGGATTTTT...
LOC130991553
ATGGCGTTCAAATTCAGTTGGGTTTCGCTGTTGAAGATTTCGCTACTTCTCCTGCTGATTGGGGCTATTTTAGTTGCTTGCTTCACTCTCCCTGTCGATAAGATTCTAAAAGATTTCTTAGTATGGATAGAGCAAGATCTTGGTGCTTGGGGTCCCCTAGTGCTGGCTATTGCATACATTCCTTTAACGGTGTTGGCTGTTCCAGCTTCTATACTGACGCTTGGTGGTGGATATCTCTTTGGCTTGCCTATTGGATTTTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057771818.1
MAFKFSWVSLLKISLLLLLIGAILVACFTLPVDKILKDFLVWIEQDLGAWGPLVLAIAYIPLTVLAVPASILTLGGGYLFGLPIGFFADSIGATLGAGAAFLLGRTIGRSFVISKLKDYPKFRAVAIAIERSGFKIVLLLRLVPLLPFNMLNYLLSVTPVPIAHYMLASWLGMMPITFALVYVGTTLKDLSDVTHGWHEFSKTRWAFIFLGLVMSVVLIICVTRVAKAALEKALAETGECLDGDAMSQSLPVMSSPSVNL...
XP_057771819.1
MAFKFSWVSLLKISLLLLLIGAILVACFTLPVDKILKDFLVWIEQDLGAWGPLVLAIAYIPLTVLAVPASILTLGGGYLFGLPIGFFADSIGATLGAGAAFLLGRTIGRSFVISKLKDYPKFRAVAIAIERSGFKIVLLLRLVPLLPFNMLNYLLSVTPVPIAHYMLASWLGMMPITFALVYVGTTLKDLSDVTHGWHEFSKTRWAFIFLGLVMSVVLIICVTRVAKAALEKALAETGECLDGDAMSQSLPVMSSPSVNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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