Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000355`

染色体: Chr07 坐标: 2425206-2427436 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000355`
名称	SmilChr07G000355
描述	uncharacterized SmilChr07G000355
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	2425206 - 2427436 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991555`
GeneID	`130991555`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991555`
原始查询	`LOC130991555`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cytochrome P450 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819789]; symbol=AT3G06150; hit=AT3G06150; species=arabidopsis; confidence=high
产物	cytochrome P450 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819789]; symbol=AT3G06150; hit=AT3G06150; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G06150` (AT3G06150) cytochrome P450 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819789] identity=54.7; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0396900` - identity=59.2; qcov=0.873; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991555

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057771822.1`
2	Golgi stack	高尔基堆	0.20000	`XP_057771822.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771822.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771822.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771822.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:2425613`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B25,B35,B77,B93,C16
`Chr7:2425707`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr7:2425719`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,C11,C69
`Chr7:2425738`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,A14,B101,B60
`Chr7:2425797`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr7:2425856`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112
`Chr7:2426037`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,C77,D10
`Chr7:2426081`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B44
`Chr7:2426081`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B44
`Chr7:2426083`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr7:2426240`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B118
`Chr7:2426248`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B138,B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915840.1
CACTTATTTGTTTCCATTAATTTATCACTCTCTTCCTCTCTTATTCTCCTGACTTCCTCCATAAACAAACACCAAATACTTGTCTCTGCTGCATTTTTCCATATATTTCTTGAGAGAGAGAGAGAGGCTTTTGCTGCTGCATTGACAACATAATCTGCCAACAAATTTGAAGCAATAAGGGTTTTTTTCCCCCTTAAATAAGATGCTGGAAAAGGCTAAATCGGTGTTGCTGTCGAACTTCATGATTATACGGTGGTTCA...

XM_057915839.1
CACTTATTTGTTTCCATTAATTTATCACTCTCTTCCTCTCTTATTCTCCTGACTTCCTCCATAAACAAACACCAAATACTTGTCTCTGCTGCATTTTTCCATATATTTCTTGAGAGAGAGAGAGAGGCTTTTGCTGCTGCATTGACAACATAATCTGCCAACAAATTTGAAGCAATAAGGTAAATTAGGGTTTTTTTCCCCCTTAAATAAGATGCTGGAAAAGGCTAAATCGGTGTTGCTGTCGAACTTCATGATTATAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130991555
ATGCTGGAAAAGGCTAAATCGGTGTTGCTGTCGAACTTCATGATTATACGGTGGTTCAAGATTCTGGCGATATCAACTTACCTAGGAATATTGATTGTTTGGGGAAACGATGGTCTCACCATTAACACTTTCTACAACAATCTCACTGTATCAGAGCTGCCCCAATCCCATAAAGATTCAAACTTTACCAACATTTCAGCTGATCCACACACAACCCTTCAAACTTTACCAAAACCCATCAAAAATCTTGAAACTTTCTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057771822.1
MLEKAKSVLLSNFMIIRWFKILAISTYLGILIVWGNDGLTINTFYNNLTVSELPQSHKDSNFTNISADPHTTLQTLPKPIKNLETFSWISAEFEANYTSNLLARWLAPGGEPCKDSRTVGIKIPNLDGDGEIHLSSGDVHEFVFHTLDHLGLPHCLGGDYFETDLSGERWKARPPIKDLGNGSYSFSLQVHPDFAGDYNLTIILLFRHYEGLKFSPERFAFDKVLRVVPIRFLSSAAQLPEIGQCRGADYVRGVWSGRWI...

XP_057771823.1
MLEKAKSVLLSNFMIIRWFKILAISTYLGILIVWGNDGLTINTFYNNLTVSELPQSHKDSNFTNISADPHTTLQTLPKPIKNLETFSWISAEFEANYTSNLLARWLAPGGEPCKDSRTVGIKIPNLDGDGEIHLSSGDVHEFVFHTLDHLGLPHCLGGDYFETDLSGERWKARPPIKDLGNGSYSFSLQVHPDFAGDYNLTIILLFRHYEGLKFSPERFAFDKVLRVVPIRFLSSAAQLPEIGQCRGADYVRGVWSGRWI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器