当前解析结果
SmilChr07G000364| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000364 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000364 |
| 描述 | endo-1,3;1,4-beta-D-glucanase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 2498015 - 2500329 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991565 |
|---|---|
| GeneID | 130991565 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991565 |
| 原始查询 | LOC130991565 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | endo-1,3;1,4-beta-D-glucanase-like |
| 产物 | endo-1%2C3%3B1%2C4-beta-D-glucanase-like |
| Arabidopsis | AT3G23570 (AT3G23570)alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821936] identity=52.7; qcov=1; evalue=7.24e-92; confidence=high |
| Rice | Os05g0399100- identity=50.4; qcov=1.01; evalue=1.07e-87; confidence=high |
| GO | GO:0016787 (hydrolase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01738 (DLH) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991565 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057771836.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057771836.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057771836.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771836.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771836.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:2499098 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr7:2499102 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:2499143 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C47 |
Chr7:2499157 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:2499179 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:2499568 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A23,B112,B5,C46 |
Chr7:2499604 |
CAA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 17 | A1,B109,B111,B121,B3,B30,B37,B38,B39,B46,B53,C17,C5,C58,C61,C63,C8 |
Chr7:2499848 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A23,B112,B5,C46 |
Chr7:2499921 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A11,B98 |
Chr7:2500040 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A8 |
Chr7:2500057 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B19,C43,C87,C9 |
Chr7:2500072 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A8,C42 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771836.1PF01738
DLH 29-233 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771836.1 |
Pfam | PF01738 |
DLH | Domain | 29 | 233 | 3.3e-30 | 106.0 | Dienelactone hydrolase family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。