Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003281`

染色体: Chr01 坐标: 51500176-51506971 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003281`
名称	SmilChr01G003281
描述	3-epi-6-deoxocathasterone 23-monooxygenase CYP90D1
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	51500176 - 51506971 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991571`
GeneID	`130991571`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991571`
原始查询	`LOC130991571`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	3-epi-6-deoxocathasterone 23-monooxygenase CYP90D1
产物	3-epi-6-deoxocathasterone 23-monooxygenase CYP90D1
Arabidopsis	`AT3G13730` (CYP90D1) cytochrome P450, family 90, subfamily D, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820582] identity=64.7; qcov=0.948; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0197100` (D2) - identity=62; qcov=0.937; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005506 (iron ion binding); GO:0007275 (multicellular organism development); GO:0010268 (brassinosteroid homeostasis); GO:0016125 (sterol metabolic process); GO:0016132 (brassinosteroid biosynthetic process); GO:0016709 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG	smil00905 (Brassinosteroid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00067 (p450)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991571

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057771845.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057771845.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771845.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771845.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771845.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:51500606`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,C56
`Chr1:51502730`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B42,C11,C69,C85,C87
`Chr1:51502812`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B13,C62,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771845.1

478 aa

239

478

p450

PF00067 p450 41-456 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771845.1`	Pfam	`PF00067`	p450	Domain	41	456	2.2e-50	172.5	Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915862.1
TCTCCATACAAAATCACATACTTTCTCGAGGCAATATGTGCTGACTCACATTCATATAATTCAAATTCTTTTCCCTTTTAACTTATTTTTGTCTTCATCAAATCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATGCAAATACATTTTCTCCGGTGAAAACCTCCCATTTTACTGCTACTCGCAAGTCGCAATATATAAAAAAATCCCACCAAGCCAAAACAAAATCCAAAAAAAAAAGGTTGGAAAAATGGATGTTTTGTTGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991571
ATGGATGTTTTGTTGATTTTTGTAGTGACAGCAGCAATATTTTGCTTGTGCAAAATCAGAAATCTATGGAAGTTGAACAGCACCACCAAATCATCACAGATTCCTTTGGGCAGCTTTGGAATATGGCCTTTTGTCGGAGAAACCATTCACTTCATCTCTTCCGCTTATTCCGACACGCCGGAGAGCTTCGTCGACAAACGCCGCCGCACGTATGGGAAGGTTTTCAAATCACATTTATTTGGGAGTCGGACGATAGTGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771845.1
MDVLLIFVVTAAIFCLCKIRNLWKLNSTTKSSQIPLGSFGIWPFVGETIHFISSAYSDTPESFVDKRRRTYGKVFKSHLFGSRTIVSSDAEVNKIILQSDARTFIPSYPKSLMELMGKSSILVINGSLQRRIHGLIGSFFKSATLKSQITAEMERYVMESMGRWREDCPIYIQDEAKNIAFQVLAKALISLDPGIQMEMLKKYFQEFIAGLMSVPLNFPGTQLHRSLQAKRRMVKIIDGIIQEKRDCKGINEGITKDVVD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器