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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000378

染色体: Chr07 坐标: 2557654-2560703 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000378
名称SmilChr07G000378
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g18950
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2557654 - 2560703 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991578
GeneID130991578
locus_tag-
NCBI NameLOC130991578
原始查询LOC130991578

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g18950
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g18950
ArabidopsisAT5G18950 (AT5G18950)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832013]
identity=37; qcov=0.614; evalue=1.36e-91; confidence=medium
RiceOs03g0363700
-
identity=34.9; qcov=0.581; evalue=5.07e-72; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0009507 (chloroplast)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991578

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057771851.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057771851.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771851.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771851.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771851.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2558122 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr7:2558219 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,C27
Chr7:2558447 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr7:2558472 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr7:2558762 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr7:2558763 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B101,C1
Chr7:2558771 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr7:2558778 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr7:2558823 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B76,B8,C25
Chr7:2559194 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr7:2559388 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B76,B8,C25
Chr7:2559471 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B76,B8,C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771851.1
700 aa
N
1
350
700
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
TPR_24
C
PF13041 PPR_2 226-270 aa PF01535 PPR 297-325 aa PF13812 PPR_3 349-404 aa PF13041 PPR_2 361-408 aa PF01535 PPR 364-394 aa PF12854 PPR_1 393-424 aa PF01535 PPR 399-429 aa PF13041 PPR_2 432-480 aa PF01535 PPR 434-464 aa PF13812 PPR_3 455-512 aa PF12854 PPR_1 462-493 aa PF13041 PPR_2 467-514 aa PF01535 PPR 470-499 aa PF01535 PPR 508-534 aa PF23276 TPR_24 559-623 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771851.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 226 270 8.2e-62 205.8 PPR repeat family
XP_057771851.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 297 325 1.6e-44 147.8 PPR repeat
XP_057771851.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 349 404 1.5e-22 80.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057771851.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 361 408 8.2e-62 205.8 PPR repeat family
XP_057771851.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 364 394 1.6e-44 147.8 PPR repeat
XP_057771851.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 393 424 3.3e-42 142.6 PPR repeat
XP_057771851.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 399 429 1.6e-44 147.8 PPR repeat
XP_057771851.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 432 480 8.2e-62 205.8 PPR repeat family
XP_057771851.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 434 464 1.6e-44 147.8 PPR repeat
XP_057771851.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 455 512 1.5e-22 80.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057771851.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 462 493 3.3e-42 142.6 PPR repeat
XP_057771851.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 467 514 8.2e-62 205.8 PPR repeat family
XP_057771851.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 470 499 1.6e-44 147.8 PPR repeat
XP_057771851.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 508 534 1.6e-44 147.8 PPR repeat
XP_057771851.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 559 623 7.2e-16 59.0 Pentatricopeptide repeat-containing protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091161.1
GAAAAGGTAAGAGGCCAAATAACAAATAGTACTTACGAGATTTGGAAGAGTTCATATGCTTGAATCTTGAGTAACCAAATTCACTTCATCTTTTACAAACCGTTTTCACTCCTCCAACCTCATCGTTATAACTGTAACTATTAGATGTAGGATTGTCATGGCCAGGATTTCATCAATATTTTCAAATTTAAGCCGCCGCCAAAACCCTACTTCATCTCACAGCACCACCACACCTCAAATCCGAAATCGAAACCTCTGTT...
XR_009091162.1
TCTTTTACAAACCGTTTTCACTCCTCCAACCTCATCGTTATAACTGTAACTCAGATTAGATGTAGGATTGTCATGGCCAGGATTTCATCAATATTTTCAAATTTAAGCCGCCGCCAAAACCCTACTTCATCTCACAGCACCACCACACCTCAAATCCGAAATCGAAACCTCTGTTCTGACAAATTTAGCATAAATTCTGAAGATGTGTTGCATAACCAGAGAAGCCCAATTGAGGTTATTGCTCAAGATCGAATGCTTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991578
ATGGCCAGGATTTCATCAATATTTTCAAATTTAAGCCGCCGCCAAAACCCTACTTCATCTCACAGCACCACCACACCTCAAATCCGAAATCGAAACCTCTGTTCTGACAAATTTAGCATAAATTCTGAAGATGTGTTGCATAACCAGAGAAGCCCAATTGAGGTTATTGCTCAAGATCGAATGCTTGGAATTGGTGAAGCGAGTGCAATTTCTGAGGAATTAACGGGAAAACCTCCAAATCTAGGTCAAAAGCTTGCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771851.1
MARISSIFSNLSRRQNPTSSHSTTTPQIRNRNLCSDKFSINSEDVLHNQRSPIEVIAQDRMLGIGEASAISEELTGKPPNLGQKLAENRVTNASEIAKEVCNVIRTRPKWENTLLSDFPTVSFTDPGVYSEILKQQSDLFLSLQFYLWLRSLDGFLFDPVLCNEMFGRLAEAKDVEKNLLDDREFEVEPWFLELYTRSLCENELIDQVLNVFERLKMIGYCVSLETWNWALCCSVKVGRADAVWKLHEDMVKYGVAPDAD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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