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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003282

染色体: Chr01 坐标: 51514955-51522867 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003282
名称SmilChr01G003282
描述protein FLX-like 3
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向51514955 - 51522867 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991579
GeneID130991579
locus_tag-
NCBI NameLOC130991579
原始查询LOC130991579

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein FLX-like 3
产物protein FLX-like 3
ArabidopsisAT1G55170 (AT1G55170)
DNA double-strand break repair protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841960]
identity=45; qcov=1.05; evalue=5.8e-69; confidence=medium
RiceOs12g0193100
-
identity=41.1; qcov=0.985; evalue=2.34e-66; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991579

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057771855.1
2 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057771855.1
3 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057771855.1
4 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057771855.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771855.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:51517389 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B37,B56,B76,B96,D7
Chr1:51517437 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B68
Chr1:51517523 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B133
Chr1:51517781 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B44,B50,B53,B62
Chr1:51518495 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

11 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091171.1
GGGTTAGACGCTAGTTGGTTTTAATAGCAAATTTGACACGTTACCCTCTAGTCGACTCTCGGCAGCTGGGATAGTGGAATTCGCATCAAACGCTGTCGTTTTTGCAAACAAACCCAGCTCCTCTCAGAAAATTGTTGTTTCTATCGATTTAGGTTTTTCTTCAACCCTACCGCGCTGTTTGTTTACATCGCTGAGTTCTTTCAATTTATTCTCTCCCGGTTTAAGTTATAGTTTAGATGGCGGGAAGAAACCGAGTTCCT...
XR_009091165.1
TAATAGCAAATTTGACACGTTACCCTCTAGTCGACTCTCGGCAGCTGGGATAGTGGAATTCGCATCAAACGCTGTCGTTTTTGCAAACAAACCCAGCTCCTCTCAGAAAATTGTTGTTTCTATCGATTTAGGTTTTTCTTCAACCCTACCGCGCTGTTTGTTTACATCGCTGAGTTCTTTCAATTTATTCTCTCCCGGTTTAAGTTATAGTTTAGATGGCGGGAAGAAACCGAGTTCCTCATGAAGCTTTTGGCCATCGG...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC130991579
ATGGCGGGAAGAAACCGAGTTCCTCATGAAGCTTTTGGCCATCGGCGTGCCTATCCACTGGGGGATAATATTCCTCGAGGCCCTTTGACCCGGCCTATACCTCCTCATCCTGCTCTGTTAGAGGAAGAACTTGAAATTCGACATGTTGAGCTTCGAAGGCTTCTAGGTGAAAACCGAAGACTGGTTGAGGATCGAATTGCTTTGGAACGAGAATTAAATTCTGCGAGGGAAGAGTTTCGTCGCATGAATCTAGGCATTAC...
LOC130991579
ATGGCGGGAAGAAACCGAGTTCCTCATGAAGCTTTTGGCCATCGGCGTGCCTATCCACTGGGGGATAATATTCCTCGAGGCCCTTTGACCCGGCCTATACCTCCTCATCCTGCTCTGTTAGAGGAAGAACTTGAAATTCGACATGTTGAGCTTCGAAGGCTTCTAGGTGAAAACCGAAGACTGGTTGAGGATCGAATTGCTTTGGAACGAGAATTAAATTCTGCGAGGGAAGAGTTTCGTCGCATGAATCTAGGCATTAC...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057771855.1
MAGRNRVPHEAFGHRRAYPLGDNIPRGPLTRPIPPHPALLEEELEIRHVELRRLLGENRRLVEDRIALERELNSAREEFRRMNLGITDMRAEQDHQSRELIERVLKLDADLRATEPLKIEAAKLRDEVQRLNAIRQDLTVQVQALSQELAKFRADNQKIPVLKTEIDGLHQELVRARTAVDFEKNANIELMEQRQAMEKNLVSMAREVEKLRSELANSGARAWNAGGAYGMKYNNPEANFPAPYDEGYGVRQVWMQLNRN...
XP_057771862.1
MAGRNRVPHEAFGHRRAYPLGDNIPRGPLTRPIPPHPALLEEELEIRHVELRRLLGENRRLVEDRIALERELNSAREEFRRMNLGITDMRAEQDHQSRELIERVLKLDADLRATEPLKIEAAKLRDEVQRLNAIRQDLTVQVQALSQELAKFRADNQKIPVLKTEIDGLHQELVRARTAVDFEKNANIELMEQRQAMEKNLVSMAREVEKLRSELANSGARAWNAGGAYGMKYNNPEANFPAPYDEGYGVRQVWMQLNRN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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